PDB-1uzc: THE STRUCTURE OF AN FF DOMAIN FROM HUMAN HYPA/FBP11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1uzc

タイトル

THE STRUCTURE OF AN FF DOMAIN FROM HUMAN HYPA/FBP11

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN FLJ21157

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION / PHOSPHOPEPTIDE RECOGNITION / RNA POLYMERASE II CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cytoskeleton organization / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of cytokinesis / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / cell migration / regulation of cell shape ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Allen, M.D. / Jemth, P. / Friedler, A. / Schon, O. / Bycroft, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The Structure of an Ff Domain from Human Hypa/Fbp11.
著者: Allen, M.D. / Friedler, A. / Schon, O. / Bycroft, M.

履歴

登録	2004年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2004年4月5日	ID: 1H40
改定 1.0	2004年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1uzc.cif.gz	510.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1uzc.ent.gz	429 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1uzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1uzc_validation.pdf.gz	352.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1uzc_full_validation.pdf.gz	528 KB	表示
XML形式データ	1uzc_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	1uzc_validation.cif.gz	69.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/1uzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/1uzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nh9-d 3nx6-d 2evb-d 1wvn-d 3ins-1 2rup-d 1gxi-d 2zeq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN FLJ21157

8.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	23 / 30	NO DISTANCE VIOLATION 0.25A AND NO ANGLE VIOLATIONS > 5 DEGREES
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN FLJ21157 / HUNTINGTIN-INTERACTING PROTEIN HYPA/FBP11 分子量: 8251.467 Da / 分子数: 1 / 断片: FF DOMAIN, RESIDUES 250-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSET-GROEL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9H782, UniProt: O75400*PLUS
構成要素の詳細	THE FF DOMAIN MAY BE INVOLVED IN PROTEIN-PROTEIN INTERACTION AND OFTEN OCCURS IN CONJUNCTION WITH WW DOMAINS
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS ENTRY ALSO MATCHES FRAGMENTS OF FORMIN BINDING PROTEIN 11 (SWISS-PROT ...THE SEQUENCE OF THIS ENTRY ALSO MATCHES FRAGMENTS OF FORMIN BINDING PROTEIN 11 (SWISS-PROT ACCESSION Q9R1C7) AND HUNTINGTIN-INTERACTING PROTEIN HYPA/FBP11 (SWISS-PROT ACCESSION O75404, 98% IDENTITY)

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	STANDARD 13C
1	2	1	15N
1	3	1	1H EXPERIMENTS

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED FF DOMAIN)

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試料調製

試料状態	pH: 6.0 / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR		BRUNGER	精密化
ANSIG	3.3		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO DISTANCE VIOLATION 0.25A AND NO ANGLE VIOLATIONS > 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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