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万見
- PDB-1nh9: Crystal Structure of a DNA Binding Protein Mja10b from the hypert... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nh9
タイトルCrystal Structure of a DNA Binding Protein Mja10b from the hyperthermophile Methanococcus jannaschii
要素DNA-binding protein Alba
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mja10b
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / chromosome / double-stranded DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Alba / Alba-like domain / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA-binding protein Alba
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, G. / Bartlam, M. / Guo, R. / Yang, H. / Xue, H. / Liu, Y. / Huang, L. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a DNA binding protein from the hyperthermophilic euryarchaeon Methanococcus jannaschii
著者: Wang, G. / Guo, R. / Bartlam, M. / Yang, H. / Xue, H. / Liu, Y. / Huang, L. / Rao, Z.
履歴
登録2002年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein Alba


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6911
ポリマ－9,6911
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.506, 51.506, 125.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein Alba / Mja10b


分子量: 9690.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57665
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: Tris-HCl, MPD, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wang, G.G., (2002) Acta Cryst., D58, 1240.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
240 %MPD1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9868 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9868 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 7093 / Num. obs: 7093 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 692 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
Num. obs: 6946 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 13.1 % / Num. measured all: 91002 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.06 Å / % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 6.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1h0x

1h0x


解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 678 10 %random
Rwork0.209 ---
obs-6217 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.818 Å2-1.751 Å20 Å2
2---0.818 Å20 Å2
3---1.635 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数619 0 0 24 643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 121 10.7 %
Rwork0.263 761 -
obs-1298 81.1 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.405
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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