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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nh9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a DNA Binding Protein Mja10b from the hyperthermophile Methanococcus jannaschii | ||||||
要素 | DNA-binding protein Alba | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Mja10b | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, G. / Bartlam, M. / Guo, R. / Yang, H. / Xue, H. / Liu, Y. / Huang, L. / Rao, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of a DNA binding protein from the hyperthermophilic euryarchaeon Methanococcus jannaschii 著者: Wang, G. / Guo, R. / Bartlam, M. / Yang, H. / Xue, H. / Liu, Y. / Huang, L. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nh9.cif.gz | 27 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nh9.ent.gz | 17.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nh9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/1nh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/1nh9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1h0xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9690.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57665 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25 詳細: Tris-HCl, MPD, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wang, G.G., (2002) Acta Cryst., D58, 1240. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9868 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9868 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 7093 / Num. obs: 7093 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 692 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 6946 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 13.1 % / Num. measured all: 91002 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.06 Å / % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1h0x 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 12
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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