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Yorodumi- PDB-3off: Structured Domain of Drosophila melanogaster Boca p65 2 2 Crystal form -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3off | ||||||
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Title | Structured Domain of Drosophila melanogaster Boca p65 2 2 Crystal form | ||||||
Components | LDLR chaperone boca | ||||||
Keywords | CHAPERONE / mesd / molecular chaperone / protein folding / YWTD propeller / LRP | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein targeting to membrane / endomembrane system / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Wnt signaling pathway / protein folding / apical part of cell / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.002 Å | ||||||
Authors | Collins, M.N. / Hendrickson, W.A. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2011 Title: Structural Characterization of the Boca/Mesd Maturation Factors for LDL-Receptor-Type beta-Propeller Domains Authors: Collins, M.N. / Hendrickson, W.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3off.cif.gz | 30.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3off.ent.gz | 21.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3off.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3off_validation.pdf.gz | 441.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3off_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | Display | |
Data in XML | 3off_validation.xml.gz | 6.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3off_validation.cif.gz | 8.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3off ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3off | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10637.482 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: sequence database residues 88-172 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: boca, CG30498 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8T9B6 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.7 Details: 48-52% saturated AmSO4, 100mM NaAc pH 5.6-5.8 at 298 C, one of four crystal morphologies, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4C / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 9, 2009 / Details: monochromator + mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SILICON / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 11.1 % / Av σ(I) over netI: 20.64 / Number: 144983 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 0.82 / D res high: 2 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 13036 / % possible obs: 99 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→40 Å / Num. all: 13168 / Num. obs: 13036 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0.68 / Reflection: 6551 / Reflection acentric: 5192 / Reflection centric: 1359 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.002→29.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.06 / Phase error: 18.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.308 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.08 Å2 / Biso mean: 24.4629 Å2 / Biso min: 9.29 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.002→29.419 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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