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- PDB-1uw3: The crystal structure of the globular domain of sheep prion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uw3
タイトルThe crystal structure of the globular domain of sheep prion protein
要素PRION PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSMISSIBLE SPONGIFORM ENCEPHALOPATHY / CREUTZFELD JACOB DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / tubulin binding / protein homooligomerization / microtubule binding / copper ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Major Prion Protein / Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein ...Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Major Prion Protein / Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / PHOSPHATE ION / Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種OVIS ARIES (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Haire, L.F. / Whyte, S.M. / Vasisht, N. / Gill, A.C. / Verma, C. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Bayley, P.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Crystal Structure of the Globular Domain of Sheep Prion Protein
著者: Haire, L.F. / Whyte, S.M. / Vasisht, N. / Gill, A.C. / Verma, C. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Bayley, P.M.
履歴
登録2004年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0113
ポリマ－12,6091
非ポリマー4022
水1,27971
1
A: PRION PROTEIN
ヘテロ分子

A: PRION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0236
ポリマ－25,2182
非ポリマー8054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14640 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.068, 29.045, 45.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2041-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PRION PROTEIN / SHEEP PRION PROTEIN


分子量: 12609.001 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 128-233 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) OVIS ARIES (ヒツジ) / 参照: UniProt: P23907
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化pH: 8.6 / 詳細: pH 8.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.6 / PH range high: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17 mg/mlprotein1drop
20.8-1.3 Msodium potassium phosphate1reservoirpH7.4-8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 165 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.414
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.3 Å / Num. obs: 7095 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.05→2.13 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 78
反射
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.7 % / Rmerge(I) obs: 0.465

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I4M

1i4m


解像度: 2.05→84.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 5.928 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUES 125 - 137 ARE POORLY ORDERED, AND PROBABLY TAKE UP MORE THAN ONE CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 326 4.6 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.227 6769 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 41.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→84.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数883 0 21 71 975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.9331255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4145105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62723.81855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.59215154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.17158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2840.266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3660.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2781.5542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9462858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4893442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5854.5397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.378 19
Rwork0.26 420
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.319 / Rfactor Rwork: 0.273
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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