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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u7m | ||||||
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タイトル | Solution structure of a diiron protein model: Due Ferri(II) turn mutant | ||||||
要素 | Four-helix bundle model | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Diiron proteins / four-helix bundle / protein design / inter-helical loops | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing, Energy Restrained Minimization | ||||||
データ登録者 | Maglio, O. / Nastri, F. / Calhoun, J.R. / Lahr, S. / Pavone, V. / DeGrado, W.F. / Lombardi, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Analysis and Design of Turns in alpha-Helical Hairpins 著者: Lahr, S.J. / Engel, D.E. / Stayrook, S.E. / Maglio, O. / North, B. / Geremia, S. / Lombardi, A. / Degrado, W.F. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Solution characterization of diiron proteins containing two distinct types of inter-helical loops 著者: Maglio, O. / Nastri, F. / Calhoun, J.R. / Lahr, S. / Pavone, V. / DeGrado, W.F. / Lombardi, A. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Proton and metal ion-dependent assembly of a model diiron protein 著者: Pasternak, A. / Kaplan, J. / Lear, J.D. / DeGrado, W.F. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Inaugural article: retrostructural analysis of metalloproteins: application to the design of a minimal model for diiron proteins 著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / DeGrado, W.F. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Preorganization of molecular binding sites in designed diiron proteins 著者: Maglio, O. / Nastri, F. / Pavone, V. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u7m.cif.gz | 714.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u7m.ent.gz | 598.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u7m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1u7m_validation.pdf.gz | 369.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1u7m_full_validation.pdf.gz | 589.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1u7m_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1u7m_validation.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6477.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear technique |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.5mM protein concentration; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50mm phosphate buffer / pH: 6.1 / 圧: Ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing, Energy Restrained Minimization ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |