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- PDB-6xy0: Crystal structure of a de novo designed parallel four-helix coile... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xy0 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of a de novo designed parallel four-helix coiled coil, 3-EK-4 | ||||||||||||
![]() | 3-EK-4 | ||||||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / coiled coil / tetramer / parallel | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Edgell, C.L. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: RobustDe Novo-Designed Homotetrameric Coiled Coils. Authors: Edgell, C.L. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 74.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 50.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 442.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3462.024 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.88 Å3/Da / Density % sol: 34.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M sodium HEPES, 0.2 sodium citrate tribasic dihydrate, 20 % 2-propanol, pH 7.5, supplemented with 25% glycerol for cryo-protection |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.11→48.55 Å / Num. obs: 38599 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 12.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.11→1.12 Å / Redundancy: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1806 / CC1/2: 0.629 / % possible all: 90.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.11→29.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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