PDB-1yyj: The NMR solution structure of a redesigned apocytochrome b562:Rd-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yyj

タイトル

The NMR solution structure of a redesigned apocytochrome b562:Rd-apocyt b562

要素

redesigned apocytochrome B562

キーワード

DE NOVO PROTEIN / four Helix protein / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC

機能・相同性

Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics

データ登録者

Feng, H. / Takei, J. / Lipsitz, R. / Tjandra, N. / Bai, Y. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Specific non-native hydrophobic interactions in a hidden folding intermediate: implications for protein folding
著者: Feng, H. / Takei, J. / Lipsitz, R. / Tjandra, N. / Bai, Y.

履歴

登録	2005年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yyj.cif.gz	326.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yyj.ent.gz	268.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yyj_validation.pdf.gz	343.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yyj_full_validation.pdf.gz	421 KB	表示
XML形式データ	1yyj_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	1yyj_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/1yyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/1yyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yzaC 1rac 1yyx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rah-d 3jvc-2 5gh9-d 1zzp-d 4er9-d 2qho-4 6xy0-d 3hes-3 2tpk-d 2wl8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: redesigned apocytochrome B562

11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	redesigned apocytochrome B562 分子量: 11729.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D HSQC
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	HNHA
1	5	1	3D HN(CA)CB, 3D CBCA(CO)NH
1	6	1	3D HBHA(CO)NH

NMR実験の詳細

Text: Residual dipolar coupling, 2D NOESY, 3D HNCA, etc.

-
試料調製

詳細	内容: 1.5mM Rd apocytochrome B562, 15N and/or 13C uniformly labeled 溶媒系: 50mM Sodium acetate, pH 4.84, 92.5% H2O, 7.5% D2O
試料状態	pH: 4.84 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
X-PLOR	NIH-2.9	構造決定
NMRPipe		解析
X-PLOR	NIH-2.9	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)