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- PDB-1u5d: Crystal Structure of the PH domain of SKAP55 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5d
タイトルCrystal Structure of the PH domain of SKAP55
要素Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
キーワードSIGNALING PROTEIN / PH Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of integrin activation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / plasma membrane raft / immunological synapse / SH2 domain binding ...positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of integrin activation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / plasma membrane raft / immunological synapse / SH2 domain binding / protein localization to plasma membrane / SH3 domain binding / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / adaptive immune response / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Src kinase-associated phosphoprotein 1, SH3 domain / SKAP family / Variant SH3 domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains ...Src kinase-associated phosphoprotein 1, SH3 domain / SKAP family / Variant SH3 domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Src kinase-associated phosphoprotein 1 / Src kinase-associated phosphoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tang, Y. / Swanson, K.D. / Neel, B.G. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for the Dimerization and Phosphoinositide Specificity of the Src Kinase-associated Phosphoproteins SKAP55 and SKAP-Hom
著者: Tang, Y. / Swanson, K.D. / Neel, B.G. / Eck, M.J.
履歴
登録2004年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
B: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
C: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
D: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,56611
ポリマ－50,8944
非ポリマー6727
水7,692427
1
A: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9163
ポリマ－12,7231
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8192
ポリマ－12,7231
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9163
ポリマ－12,7231
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9163
ポリマ－12,7231
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

B: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

C: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

D: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,56611
ポリマ－50,8944
非ポリマー6727
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_444x-1,y-1,z-11
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area5980 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
6
A: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

B: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

C: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

D: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,56611
ポリマ－50,8944
非ポリマー6727
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_636-x+1,y-3/2,-z+11
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area6770 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
7
A: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

B: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7355
ポリマ－25,4472
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
8
C: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

D: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8316
ポリマ－25,4472
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
9
C: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子

B: Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7355
ポリマ－25,4472
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
Buried area1240 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.068, 33.352, 105.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Src Kinase-associated Phosphoprotein of 55 kDa / SKAP55


分子量: 12723.417 Da / 分子数: 4 / 断片: PH Domain (residues 106-213) / 変異: D106G, N107S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSSKAP55 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15268, UniProt: Q86WV1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.978 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35 Å / Num. all: 45815 / Num. obs: 45007 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2179 / % possible all: 40.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of the PH Domain of SKAP-Hom, PDb entry 1u5g

1u5g


解像度: 1.7→35 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 2334 -RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.168 45815 --
obs0.168 45007 84.75 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3578 0 35 427 4040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.259 65
Rwork0.206 -
obs-1513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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