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万見
- PDB-6gpd: Crystal structure of the ligand-free form of domain 1 from TmArgBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gpd
タイトルCrystal structure of the ligand-free form of domain 1 from TmArgBP
要素Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Domain-domain communication / Diagnostic tool / Protein dissection / Biosensor / Protein structure-stability
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / amino acid binding / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins.
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Smaldone, G. / Balasco, N. / Ruggiero, A. / Berisio, R. / Vitagliano, L.
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018
タイトル: Domain communication in Thermotoga maritima Arginine Binding Protein unraveled through protein dissection.
著者: Smaldone, G. / Balasco, N. / Vigorita, M. / Ruggiero, A. / Cozzolino, S. / Berisio, R. / Del Vecchio, P. / Graziano, G. / Vitagliano, L.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
B: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7162
ポリマ－27,7162
非ポリマー00
水3,477193
1
A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8581
ポリマ－13,8581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8581
ポリマ－13,8581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.445, 46.036, 52.496
Angle α, β, γ (deg.)116.01, 109.85, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量: 13857.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: TM_0593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ62
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The best crystals of D1 domain were obtained using a protein concentration of 6 mg/ml in a solution containing 0.2 M NaCl, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3,350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日
放射モノクロメーター: 1.54 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→15 Å / Num. obs: 24812 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 37.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PRS

4prs


解像度: 1.75→14.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.816 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18833 1240 5 %RANDOM
Rwork0.16374 ---
obs0.16502 23533 88.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.293 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20.01 Å20.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→14.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1950 0 0 193 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191986
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.951.9942680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89134504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6815254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.94124.77388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10215360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0221512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.831.651010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.831.6491009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8082.471260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8072.4711261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8531.893976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8521.894977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3162.711419
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.44913.8492325
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.30613.5512267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.747→1.792 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 63 -
Rwork0.16 1294 -
obs--68.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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