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- PDB-1tfx: COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tfx
タイトルCOMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN
要素
  • TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR
  • TRYPSIN
キーワードCOMPLEX (SERINE PROTEASE/INHIBITOR) / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / HYDROLASE / INHIBITOR / BLOOD COAGULATION / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of blood coagulation / trypsin / side of membrane / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation ...Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of blood coagulation / trypsin / side of membrane / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation / serine-type endopeptidase activity / cell surface / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor pathway inhibitor-like / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. ...Tissue factor pathway inhibitor-like / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin / Tissue factor pathway inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stubbs, M.T. / Huber, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The second Kunitz domain of human tissue factor pathway inhibitor: cloning, structure determination and interaction with factor Xa.
著者: Burgering, M.J. / Orbons, L.P. / van der Doelen, A. / Mulders, J. / Theunissen, H.J. / Grootenhuis, P.D. / Bode, W. / Huber, R. / Stubbs, M.T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Recombinant Leech-Derived Tryptase Inhibitor in Complex with Trypsin. Implications for the Structure of Human Mast Cell Tryptase and its Inhibition
著者: Stubbs, M.T. / Morenweiser, R. / Sturzebecher, J. / Bauer, M. / Bode, W. / Huber, R. / Piechottka, G.P. / Matschiner, G. / Sommerhoff, C.P. / Fritz, H. / Auerswald, E.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of Active Site-Inhibited Clotting Factor Xa. Implications for Drug Design and Substrate Recognition
著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / Von Der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A.
#3: ジャーナル: Curr.Pharm.Des. / 年: 1996
タイトル: Structural Aspects of Factor Xa Inhibition
著者: Stubbs II, M.T.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: The Ornithodorin-Thrombin Crystal Structure, a Key to the Tap Enigma?
著者: Van De Locht, A. / Stubbs, M.T. / Bode, W. / Friedrich, T. / Bollschweiler, C. / Hoffken, W. / Huber, R.
#5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structures of Factor Xa Specific Inhibitors in Complex with Trypsin: Structural Grounds for Inhibition of Factor Xa and Selectivity Against Thrombin
著者: Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bode, W.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure of Human Des(1-45) Factor Xa at 2.2 A Resolution
著者: Padmanabhan, K. / Padmanabhan, K.P. / Tulinsky, A. / Park, C.H. / Bode, W. / Huber, R. / Blankenship, D.T. / Cardin, A.D. / Kisiel, W.
履歴
登録1997年1月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
B: TRYPSIN
C: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR
D: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7746
ポリマ－60,6944
非ポリマー802
水2,576143
1
A: TRYPSIN
C: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3873
ポリマ－30,3472
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
2
B: TRYPSIN
D: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3873
ポリマ－30,3472
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.900, 96.200, 137.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9999, -0.0114, 0.0008), (0.0113, 0.9755, -0.2199), (0.0017, 0.2199, 0.9755)
ベクター: 6.3181, -39.9006, -7.8059)

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN


分子量: 23493.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: BLOOD / プラスミド: PFLAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE5505 / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質 TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR / TFPI / EPI / LACI


分子量: 6853.665 Da / 分子数: 2 / Fragment: FACTOR XA-BINDING DOMAIN, DOMAIN II / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / 器官: BLOOD / プラスミド: PFLAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE5505 / 参照: UniProt: P10646
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS STRUCTURE IS PART OF A MULTIDISCIPLINARY STUDY INTO THE STRUCTURE AND FUNCTION OF THE SECOND ...THIS STRUCTURE IS PART OF A MULTIDISCIPLINARY STUDY INTO THE STRUCTURE AND FUNCTION OF THE SECOND DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR, WHICH IS RESPONSIBLE FOR SWITCHING OFF THE EARLY STAGES OF BLOOD COAGULATION. COORDINATES FOR THE NMR SOLUTION STRUCTURE HAVE ALSO BEEN DEPOSITED AS PDB ENTRY 1ADZ.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1 M / 一般名: Na/K phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 17364 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 32380
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PORCINE TRYPSIN MODEL FROM LDTI TRYPSIN (PDB ENTRY 1LDT)

1ldt


解像度: 2.6→6 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.162 --
obs0.162 13757 84.5 %
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4239 0 0 142 4381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.212 558 -
obs--84.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.32
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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