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- PDB-1t0h: Crystal structure of the Rattus norvegicus voltage gated calcium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t0h
タイトルCrystal structure of the Rattus norvegicus voltage gated calcium channel beta subunit isoform 2a
要素(VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL SUBUNIT BETA2A電位依存性カルシウムチャネル) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain (SH3ドメイン) / Nucleotide kinase like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during AV node cell action potential / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during AV node cell action potential / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / photoreceptor ribbon synapse / positive regulation of calcium ion transport / calcium ion import / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / 視覚 / protein localization to plasma membrane / calcium ion transmembrane transport / phosphoprotein binding / calcium ion transport / actin filament binding / presynapse / chemical synaptic transmission / protein domain specific binding / protein kinase binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / SH3 type barrels. ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Van Petegem, F. / Clark, K. / Chatelain, F. / Minor Jr., D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structure of a complex between a voltage-gated calcium channel beta-subunit and an alpha-subunit domain.
著者: Van Petegem, F. / Clark, K.A. / Chatelain, F.C. / Minor, D.L.
履歴
登録2004年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL SUBUNIT BETA2A
B: VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL SUBUNIT BETA2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7763
ポリマ－40,7402
非ポリマー351
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
2
A: VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL SUBUNIT BETA2A
ヘテロ分子

B: VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL SUBUNIT BETA2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7763
ポリマ－40,7402
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.176, 45.260, 58.701
Angle α, β, γ (deg.)107.34, 95.75, 97.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL SUBUNIT BETA2A / 電位依存性カルシウムチャネル


分子量: 15137.462 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 17-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CACNB2 / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8VGC3
#2: タンパク質 VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL SUBUNIT BETA2A / 電位依存性カルシウムチャネル


分子量: 25602.660 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 203-425 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CACNB2 / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8VGC3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris-Cl, NaCl, PEG 4000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.0199, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月18日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.01991
20.97961
反射解像度: 1.97→30 Å / Num. all: 24274 / Num. obs: 24274 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.19 % / Biso Wilson estimate: 31.255 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 27.51
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 2.17 % / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 2402 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.97→55.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.383 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21321 1214 5 %RANDOM
Rwork0.18547 ---
obs0.18693 22945 97.83 %-
all-24274 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.714 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.31 Å20.32 Å2
2---0.41 Å2-0.4 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→55.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 1 148 2377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.9593074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8434903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1655277
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.22356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9111.51420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74422297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9833850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9884.5777
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.242 87
Rwork0.222 1693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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