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- PDB-1t08: Crystal structure of beta-catenin/ICAT helical domain/unphosphory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t08
タイトルCrystal structure of beta-catenin/ICAT helical domain/unphosphorylated APC R3
要素
  • Adenomatous polyposis coli protein
  • Beta-catenin
  • Beta-catenin-interacting protein 1
キーワードcell adhesion/cell cycle / beta-catenin / Wnt signal / APC / 20mer repeat / Wnt signaling / cell adhesion-cell cycle COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vascular permeability involved in acute inflammatory response / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / armadillo repeat domain binding / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis ...regulation of vascular permeability involved in acute inflammatory response / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / armadillo repeat domain binding / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-ICAT complex / Regulation of CDH19 Expression and Function / metanephros morphogenesis / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / neural plate development / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centriole-centriole cohesion / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / Regulation of CDH11 function / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / endodermal cell fate commitment / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / beta-catenin-TCF complex / dorsal root ganglion development / gamma-catenin binding / synaptic vesicle clustering / acinar cell differentiation / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / layer formation in cerebral cortex / dorsal/ventral axis specification / Formation of the nephric duct / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of myoblast proliferation / establishment of blood-retinal barrier / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / fungiform papilla formation / sympathetic ganglion development / positive regulation of pseudopodium assembly / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / ectoderm development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of calcium ion import / regulation of protein localization to cell surface / cellular response to indole-3-methanol / hair cell differentiation / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of protein localization to centrosome / detection of muscle stretch / smooth muscle cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of odontoblast differentiation / regulation of smooth muscle cell proliferation / cranial skeletal system development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / histone methyltransferase binding / alpha-catenin binding / pattern specification process / bicellular tight junction assembly / Germ layer formation at gastrulation / lung-associated mesenchyme development / establishment of blood-brain barrier / fascia adherens / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / male genitalia development / apicolateral plasma membrane / flotillin complex / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Formation of definitive endoderm
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin-interacting ICAT / Beta-catenin-interacting ICAT domain / Beta-catenin-interacting ICAT superfamily / Beta-catenin-interacting protein 1 / Beta-catenin-interacting protein ICAT / Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat ...Beta-catenin-interacting ICAT / Beta-catenin-interacting ICAT domain / Beta-catenin-interacting ICAT superfamily / Beta-catenin-interacting protein 1 / Beta-catenin-interacting protein ICAT / Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat / Adenomatous polyposis coli (APC) family / Adenomatous polyposis coli protein / Adenomatous polyposis coli, N-terminal dimerisation domain / APC, N-terminal coiled-coil domain superfamily / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / APC repeat / SAMP Motif / EB-1 Binding Domain / APC basic domain / APC 15 residue motif / Adenomatous polyposis coli tumour suppressor protein / Armadillo-associated region on APC / Unstructured region on APC between 1st and 2nd catenin-bdg motifs / Unstructured region on APC between 1st two creatine-rich regions / Unstructured region on APC between APC_crr and SAMP / Unstructured region on APC between SAMP and APC_crr / Unstructured region on APC between APC_crr regions 5 and 6 / Coiled-coil N-terminus of APC, dimerisation domain / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenomatous polyposis coli protein / Catenin beta-1 / Beta-catenin-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ha, N.-C. / Tonozuka, T. / Stamos, J.L. / Weis, W.I.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Mechanism of phosphorylation-dependent binding of APC to beta-catenin and its role in beta-catenin degradation
著者: Ha, N.-C. / Tonozuka, T. / Stamos, J.L. / Choi, H.J. / Weis, W.I.
履歴
登録2004年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-catenin
B: Beta-catenin-interacting protein 1
C: Adenomatous polyposis coli protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4563
ポリマ－63,4563
非ポリマー00
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.472, 96.712, 86.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Beta-catenin / cadherin-associated protein / PRO2286


分子量: 56583.680 Da / 分子数: 1 / 断片: armadillo repeat (RESIDUES 146-664) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1,CTNNB / プラスミド: pPROEXHT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質・ペプチド Beta-catenin-interacting protein 1 / beta-catenin-interacting protein ICAT / Inhibitor of beta-catenin and Tcf-4


分子量: 5239.055 Da / 分子数: 1 / 断片: helical domain (RESIDUES 8-53) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNBIP1,ICAT / プラスミド: pPROEXHT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NSA3
#3: タンパク質・ペプチド Adenomatous polyposis coli protein / APC / APC protein


分子量: 1633.688 Da / 分子数: 1 / 断片: repeat 3 (RESIDUES 1484-1498) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APC,DP2.5 / プラスミド: pGEXTEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25054
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: PEG3400, Potassium phosphate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 47853 / Num. obs: 47853 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.67 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 4230 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M1E

1m1e


解像度: 2.1→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 465671.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2280 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.215 47853 --
obs0.215 45577 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.2511 Å2 / ksol: 0.365862 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å20 Å20 Å2
2--3.93 Å20 Å2
3----2.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4370 0 0 327 4697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.52.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 334 4.7 %
Rwork0.293 6848 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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