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万見
- PDB-1sux: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE COMPLEX BETWEEN TRIOSEPHOSPHATE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sux
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE COMPLEX BETWEEN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE FROM TRYPANOSOMA CRUZI AND 3-(2-benzothiazolylthio)-1-propanesulfonic acid
要素Triosephosphate isomerase, glycosomal
キーワードISOMERASE / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TRYPANOSOMA CRUZI / PROTEIN INTERFACES / BENZOTHIAZOLE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(2-BENZOTHIAZOLYLTHIO)-1-PROPANESULFONIC ACID / Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tellez-Valencia, A. / Olivares-Illana, V. / Hernandez-Santoyo, A. / Perez-Montfort, R. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Tuena De Gomez-Puyou, M. / Gomez-Puyou, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Inactivation of triosephosphate isomerase from Trypanosoma cruzi by an agent that perturbs its dimer interface.
著者: Tellez-Valencia, A. / Olivares-Illana, V. / Hernandez-Santoyo, A. / Perez-Montfort, R. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Lopez-Calahorra, F. / Tuena De Gomez-Puyou, M. / Gomez-Puyou, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Differences in the intersubunit contacts in triosephosphate isomerase from two closely related pathogenic trypanosomes
著者: Maldonado, E. / Soriano-Garcia, M. / Moreno, A. / Cabrera, N. / Garza-Ramos, G. / De Gomez-Puyou, M. / Gomez-Puyou, A. / Perez-Montfort, R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of triosephosphate isomerase from Trypanosoma cruzi in hexane
著者: Gao, X.G. / Maldonado, E. / Perez-Monfort, R. / Garza-Ramos, G. / De Gomez-Puyou, M.T. / Gomez-Puyou, A. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2004年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase, glycosomal
B: Triosephosphate isomerase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,68310
ポリマ－54,7212
非ポリマー9628
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.870, 75.580, 146.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase, glycosomal / TIM


分子量: 27360.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: MEXICAN NINOA STRAIN / プラスミド: PET23A / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23(DE3) / 参照: UniProt: P52270, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BTS / 3-(2-BENZOTHIAZOLYLTHIO)-1-PROPANESULFONIC ACID / 3-[(2-ベンゾチアゾリル)チオ]-1-プロパンスルホン酸


分子量: 289.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO3S3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, HEPES, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 31622 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rsym value: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
bioteXデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TCD

1tcd


解像度: 2→23.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1724206.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: FIVE DISCRETELY DISORDERED RESIDUES: GLU 19, GLU 27, LYS 53, SER 97 OF MONOMER A AND SER 2 0F MONOMER B. RESIDUE MET 1 OF BOTH CHAINS AND SIDE CHAINS FROM CG OF RESIDUES LYS A 157, LYS A 177, ...詳細: FIVE DISCRETELY DISORDERED RESIDUES: GLU 19, GLU 27, LYS 53, SER 97 OF MONOMER A AND SER 2 0F MONOMER B. RESIDUE MET 1 OF BOTH CHAINS AND SIDE CHAINS FROM CG OF RESIDUES LYS A 157, LYS A 177, GLN A 182 AND LYS B 218 HAVE WEAK ELECTRON DENSITY AND ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2927 10 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 29330 88.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.7691 Å2 / ksol: 0.402909 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.01 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----3.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å-0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3831 0 52 374 4257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 365 9.9 %
Rwork0.177 3325 -
obs-3325 68.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2SO4_XPLOR_PAR.PARAMSO4_XPLOR_PAR.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BTS_PARB.PARAMBTS_PARB.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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