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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sie | |||||||||
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タイトル | MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE | |||||||||
要素 | POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1 | |||||||||
キーワード | VIRUS / COAT PROTEIN / Icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mouse polyomavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Stehle, T. / Harrison, S.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of murine polyomavirus in complex with straight-chain and branched-chain sialyloligosaccharide receptor fragments. 著者: Stehle, T. / Harrison, S.C. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: The Structure of Simian Virus 40 Refined at 3.1 Angstroms Resolution 著者: Stehle, T. / Gamblin, S.J. / Yan, Y. / Harrison, S.C. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: Structure Determination of Simian Virus 40 and Murine Polyomavirus by a Combination of 5-Fold and 30-Fold Electron Density Averaging 著者: Yan, Y. / Stehle, T. / Liddington, R.C. / Zhao, H.C. / Harrison, S.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sie.cif.gz | 426.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sie.ent.gz | 357.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sie.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sie_validation.pdf.gz | 973.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sie_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1sie_validation.xml.gz | 81.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sie_validation.cif.gz | 115 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/1sie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/1sie | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60||||||||||||||||||
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3 |
| x 5||||||||||||||||||
4 |
| x 6||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 5||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | SPACE GROUP I23, A=570 ANG. THERE ARE TWO VIRIONS PER UNIT CELL AND 30 VP1 MONOMERS IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. IN THIS STRUCTURE THERE ARE INVADING ARMS OF SYMMETRY-RELATED NEIGHBORING MONOMERS THAT INVADE THE REFERENCE PENTAMER. IN REFINEMENT, THE AUTHORS USED RESIDUES 337 TO THE C-TERMINUS FROM THE SYMMETRY-RELATED MONOMERS. IN THIS ENTRY, RESIDUES 337 TO THE C-TERMINUS ARE PRESENTED AS THE ACTUAL ARM OF THE MONOMER (THAT INVADES ANOTHER PENTAMER). BECAUSE THE REFINEMENT DID NOT USE A BOND BETWEEN RESIDUES 336 AND 337 (BECAUSE THEY BELONGED TO DIFFERENT CHAINS), THE GEOMETRY OF THAT BOND IS NOT ACCURATE. A STRICT PENTAMER SURROUNDED BY FIVE LOCAL PENTAMERS CONSTITUTES THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. APPLICATION OF THE FIRST FIVE MATRICES TO THE COORDINATE SET GENERATES THAT CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42405.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mouse polyomavirus (strain p16 small-plaque) (ウイルス) 属: Polyomavirus / 生物種: Murine polyomavirus / 株: SMALL-PLAQUE P16 / 参照: UniProt: P49302 #2: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.65→12 Å / Num. obs: 244414 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.65→12 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.65→12 Å
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