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- PDB-6zlz: Crystal Structure of Merkel Cell Polyomavirus Virus-like Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zlz
タイトルCrystal Structure of Merkel Cell Polyomavirus Virus-like Particle
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / polyomavirus / capsid / Merkel cell carcinoma / jelly roll fold
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Bayer, N.J. / Stehle, T. / Blaum, B.S.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BL1294/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR 2327 ViroCarb ドイツ
German Research Foundation (DFG)STE 1463/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Structure of Merkel Cell Polyomavirus Capsid and Interaction with Its Glycosaminoglycan Attachment Receptor.
著者: Niklas J Bayer / Dovile Januliene / Georg Zocher / Thilo Stehle / Arne Moeller / Bärbel S Blaum /
要旨: Merkel cell polyomavirus (MCPyV) is a human double-stranded DNA tumor virus. MCPyV cell entry is unique among members of the polyomavirus family as it requires the engagement of two types of glycans, ...Merkel cell polyomavirus (MCPyV) is a human double-stranded DNA tumor virus. MCPyV cell entry is unique among members of the polyomavirus family as it requires the engagement of two types of glycans, sialylated oligosaccharides and sulfated glycosaminoglycans (GAGs). Here, we present crystallographic and cryo-electron microscopic structures of the icosahedral MCPyV capsid and analysis of its glycan interactions via nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. While sialic acid binding is specific for α2-3-linked sialic acid and mediated by the exposed apical loops of the major capsid protein VP1, a broad range of GAG oligosaccharides bind to recessed regions between VP1 capsomers. Individual VP1 capsomers are tethered to one another by an extensive disulfide network that differs in architecture from previously described interactions for other PyVs. An unusual C-terminal extension in MCPyV VP1 projects from the recessed capsid regions. Mutagenesis experiments show that this extension is dispensable for receptor interactions. The MCPyV genome was found to be clonally integrated in 80% of cases of Merkel cell carcinoma (MCC), a rare but aggressive form of human skin cancer, strongly suggesting that this virus is tumorigenic. In the metastasizing state, the course of the disease is often fatal, especially in immunocompromised individuals, as reflected by the high mortality rate of 33 to 46% and the low 5-year survival rate (<45%). The high seroprevalence of about 60% makes MCPyV a serious health care burden and illustrates the need for targeted treatments. In this study, we present the first high-resolution structural data for this human tumor virus and demonstrate that the full capsid is required for the essential interaction with its GAG receptor(s). Together, these data can be used as a basis for future strategies in drug development.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,90712
ポリマ－279,6666
非ポリマー2406
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 60


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, negativ stain transmission electron microscopy shows ~ 50 nm particles in diameter with pentameric subunits, light scattering, measured particle size of ~ 50 nm in diameter
  • 16.8 MDa, 360 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,794,399720
ポリマ－16,779,971360
非ポリマー14,428360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)554.830, 560.990, 573.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.301755, -0.493644, -0.815634), (0.497208, -0.811442, 0.307158), (-0.813466, -0.312854, 0.490301)501.767365, 369.959869, 314.206268
3generate(-0.305971, 0.505448, -0.806786), (-0.496729, -0.807694, -0.317634), (-0.812184, 0.303567, 0.498201)220.679947, 646.352295, 139.640625
4generate(0.50031, 0.813848, -0.295537), (-0.804734, 0.311112, -0.505581), (-0.319521, 0.490776, 0.810583)-91.773033, 417.881561, -51.007481
5generate(0.502433, -0.806165, -0.312505), (0.807048, 0.307595, 0.504043), (-0.310217, -0.505454, 0.80516)365.167725, -30.624809, 228.217804
6generate(0.803476, 0.308132, 0.509392), (0.312774, 0.509555, -0.801577), (-0.506555, 0.803373, 0.31304)-34.047642, 50.277401, -86.532898
7generate(-0.500191, -0.809063, -0.308587), (0.80893, -0.30945, -0.499874), (0.308938, -0.499657, 0.809259)643.100586, 142.951202, 54.338261
8generate(-0.807549, 0.3111, -0.501081), (0.313299, -0.493538, -0.811335), (-0.499709, -0.81218, 0.301089)414.6633, 333.25354, 367.517456
9generate(-0.00324, 0.999968, 0.007371), (0.004701, 0.007386, -0.999962), (-0.999984, -0.003205, -0.004724)-3.59973, 278.010345, 278.684418
10generate(0.498621, -0.810187, 0.30818), (0.813454, 0.314531, -0.489247), (0.299449, 0.494639, 0.815882)366.40625, -34.450939, -224.365295
11generate(0.818132, -0.316485, -0.480101), (-0.279732, 0.510419, -0.813156), (0.502404, 0.799569, 0.329059)137.132248, 219.782166, -366.476196
12generate(0.312346, -0.489451, -0.814173), (0.493118, 0.816077, -0.301418), (0.811957, -0.307336, 0.496256)329.720337, -86.944588, -137.682907
13generate(0.304564, 0.511267, -0.803646), (0.50659, -0.801447, -0.317882), (-0.806602, -0.310304, -0.503095)48.4217, 367.539215, 311.430969
14generate(0.810809, 0.317576, -0.491665), (-0.302105, -0.492401, -0.816256), (-0.50132, 0.810362, -0.303302)-37.703659, 504.703888, -89.340057
15generate(0.027895, 0.008488, -0.999575), (0.999522, -0.013573, 0.027778), (-0.013331, -0.999872, -0.008863)271.181152, 2.62097, 283.754944

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1 / VP1


分子量: 46611.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
遺伝子: VP1 / プラスミド: pwM / 細胞株 (発現宿主): HEK293TT / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B0G0W3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
ID
2
1
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium chloride, 30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月25日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→50 Å / Num. obs: 1088665 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 97.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.309 / Net I/σ(I): 9.15
反射 シェル解像度: 3.52→3.6 Å / 冗長度: 12.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 78618 / CC1/2: 0.332 / Rrim(I) all: 2.883 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS20151231データ削減
XDS20151231データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1sva

1sva


解像度: 3.52→49.97 Å / 交差検証法: NONE
詳細: NCS-constraint refinement procedure with NCS map averaging
Rfactor反射数%反射
Rwork0.235 --
obs-1088487 99.86 %
原子変位パラメータBiso max: 190.55 Å2 / Biso mean: 122.6 Å2 / Biso min: 88.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→49.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16318 0 6 0 16324

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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