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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sci | ||||||
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タイトル | K236L mutant of hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis | ||||||
![]() | (S)-acetone-cyanohydrin lyase | ||||||
![]() | LYASE / alpha-beta hydrolase fold / catalytic triad | ||||||
機能・相同性 | ![]() aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / (S)-hydroxynitrile lyase / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gruber, K. / Gartler, G. / Krammer, B. / Schwab, H. / Kratky, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reaction mechanism of hydroxynitrile lyases of the alpha/beta-hydrolase superfamily: the three-dimensional structure of the transient enzyme-substrate complex certifies the crucial role of LYS236 著者: Gruber, K. / Gartler, G. / Krammer, B. / Schwab, H. / Kratky, C. #1: ![]() タイトル: Atomic resolution crystal structure of hydroxynitrile lyase from hevea brasiliensis 著者: Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C. #2: ![]() タイトル: Three-dimensional structures of enzyme-substrate complexes of the hydroxynitrile lyase from hevea brasiliensis 著者: Zuegg, J. / Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C. #3: ![]() タイトル: Mechanism of cyanogenesis: the crystal structure of hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis 著者: Wagner, U.G. / Hasslacher, M. / Griengl, H. / Schwab, H. / Kratky, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | dimer; the second part of the biological assembly is generated by the two fod axis: x, -y+1, -z. |
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要素
#1: タンパク質 | ( 分子量: 29246.578 Da / 分子数: 1 / 変異: K236L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→20 Å / Num. all: 17474 / Num. obs: 17474 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 31.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 22.3 / Num. unique all: 1705 / Rsym value: 0.084 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2yas 解像度: 2.18→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1875444.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: refinement against maximum likelihood target function
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6105 Å2 / ksol: 0.375276 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.18→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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