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- PDB-2yas: HYDROXYNITRILE LYASE FROM HEVEA BRASILIENSIS COMPLEXED WITH RHODANIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yas
タイトルHYDROXYNITRILE LYASE FROM HEVEA BRASILIENSIS COMPLEXED WITH RHODANIDE
要素PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE)
キーワードLYASE / OXYNITRILASE / CYANOGENESIS / CYANHYDRIN FORMATION
機能・相同性
機能・相同性情報


aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / (S)-hydroxynitrile lyase / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylesterase/Alpha-hydroxynitrile lyase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / (S)-hydroxynitrile lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Hevea brasiliensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Gruber, K. / Gugganig, M. / Kratky, C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional structures of enzyme-substrate complexes of the hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis.
著者: Zuegg, J. / Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Mechanism of Cyanogenesis: The Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Hevea brasiliensis
著者: Wagner, U.G. / Hasslacher, M. / Griengl, H. / Schwab, H. / Kratky, C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis.
著者: Wagner, U.G. / Schall, M. / Hasslacher, M. / Hayn, M. / Griengl, H. / Schwab, H. / Kratky, C.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Molecular Cloning of the Full-Length Cdna of (S)-Hydroxynitrile Lyase from Hevea brasiliensis. Functional Expression in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae and Identification ...タイトル: Molecular Cloning of the Full-Length Cdna of (S)-Hydroxynitrile Lyase from Hevea brasiliensis. Functional Expression in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae and Identification of an Active Site Residue
著者: Hasslacher, M. / Schall, M. / Hayn, M. / Griengl, H. / Kohlwein, S.D. / Schwab, H.
履歴
登録1999年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7056
ポリマ－29,2631
非ポリマー4425
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,41012
ポリマ－58,5252
非ポリマー88510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA, PQS
3
A: PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,41012
ポリマ－58,5252
非ポリマー88510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2540 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.423, 106.771, 128.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

21A-630-

HOH

31A-632-

HOH

41A-689-

HOH

51A-752-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HYDROXYNITRILE LYASE) / OXYNITRILE LYASE


分子量: 29262.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hevea brasiliensis (植物) / 遺伝子: HNL / 器官: LEAF / プラスミド: BHIL-D2 / 遺伝子 (発現宿主): HNL / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P52704, EC: 4.1.2.39
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PH=7.5 2 % PEG 400, 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 20 DEGREES.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 %PEG4001reservoir
22.0 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→14 Å / Num. obs: 34663 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.237

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: 1YAS

1yas


解像度: 1.72→14 Å / Num. parameters: 9757 / Num. restraintsaints: 8672 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1914 3465 11.1 %RANDOM
all0.1544 31167 --
obs0.1501 -97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 2049 / Occupancy sum non hydrogen: 2411.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2057 0 23 334 2414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 14 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 11.1 % / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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