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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rvx | |||||||||
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タイトル | 1934 H1 Hemagglutinin in complex with LSTA | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / Influenza A Virus | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation ...Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gamblin, S.J. / Haire, L.F. / Russell, R.J. / Stevens, D.J. / Xiao, B. / Ha, Y. / Vasisht, N. / Steinhauer, D.A. / Daniels, R.S. / Elliot, A. ...Gamblin, S.J. / Haire, L.F. / Russell, R.J. / Stevens, D.J. / Xiao, B. / Ha, Y. / Vasisht, N. / Steinhauer, D.A. / Daniels, R.S. / Elliot, A. / Wiley, D.C. / Skehel, J.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure and receptor binding properties of the 1918 influenza hemagglutinin. 著者: Gamblin, S.J. / Haire, L.F. / Russell, R.J. / Stevens, D.J. / Xiao, B. / Ha, Y. / Vasisht, N. / Steinhauer, D.A. / Daniels, R.S. / Elliot, A. / Wiley, D.C. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Author states that the sequence of this protein is correct and there is no matched ...SEQUENCE Author states that the sequence of this protein is correct and there is no matched sequence database available. 999 Residue (E ASN 42 ) and residue (E GLY 44 ) are not linked, distance of C-N bond is 2.55. Residue (I ASN 42 ) and residue (I GLY 44 ) are not linked, distance of C-N bond is 2.69. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 634.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 521.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 907 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 991 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 110.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36733.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bromelain digestion 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A-PUERTO RICO-8-34 / 参照: UniProt: Q82766, UniProt: P03452*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 18242.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bromelain digestion 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A-PUERTO RICO-8-34 / 参照: UniProt: Q82766, UniProt: P03452*PLUS #3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine #4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.94 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3350, TrisHCl, KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 244553 / Num. obs: 216839 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 50.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1RU7 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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