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- PDB-1ru2: CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF E.COLI HPPK(V83G/DEL84-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ru2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF E.COLI HPPK(V83G/DEL84-89) WITH MGAMPCPP AND 6-HYDROXYMETHYLPTERIN AT 1.48 ANGSTROM RESOLUTION (ORTHORHOMBIC FORM)
要素2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / PYROPHOSPHOKINASE / PYROPHOSPHORYL TRANSFER / FOLATE / HPPK / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / 6-HYDROXYMETHYL-7 / 8-DIHYDROPTERIN / ANTIMICROBIAL AGENT / DRUG DESIGN / DELETION MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Essential Roles of a Dynamic Loop in the Catalysis of 6-Hydroxymethyl-7,8-dihydropterin Pyrophosphokinase.
著者: Blaszczyk, J. / Li, Y. / Wu, Y. / Shi, G. / Ji, X. / Yan, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin Pyrophosphokinase, a Potential Target for the Development of Novel Antimicrobial Agents
著者: Xiao, B. / Shi, G. / Chen, X. / Yan, H. / Ji, X.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Catalytic Center Assembly of Hppk as Revealed by the Crystal Structure of a Ternary Complex at 1.25 A Resolution
著者: Blaszczyk, J. / Shi, G. / Yan, H. / Ji, X.
#3: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001
タイトル: Bisubstrate Analogue Inhibitors of 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin Pyrophosphokinase: Synthesis and Biochemical and Crystallographic Studies
著者: Shi, G. / Blaszczyk, J. / Ji, X. / Yan, H.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年9月21日Group: Other
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8776
ポリマ－17,0941
非ポリマー7825
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.609, 63.156, 36.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-215-

HOH

21A-330-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin ...7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin pyrophosphokinase / PPPK


分子量: 17094.482 Da / 分子数: 1 / 変異: V83G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FOLK, B0142 / プラスミド: PET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase

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非ポリマー , 5種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-HHR / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / 6-ヒドロキシメチルプテリン


分子量: 193.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.72 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, GLYCEROL, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
19 mg/mlprotein1drop
215 mMHP1drop
350 mM1dropMgCl2
40.1 MTris-HCl1droppH8.
530 %(w/v)PEG40001reservoir
60.2 Mammonium acetate1reservoir
71 %(v/v)glycerol1reservoir
80.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.00928 / 波長: 1.00928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月2日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→30 Å / Num. all: 20535 / Num. obs: 20535 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.414 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 14.6166
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 6.31 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.884 / Num. unique all: 1993 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.48 Å / Num. measured all: 152250
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1Q0N

1q0n


解像度: 1.48→30 Å / Num. parameters: 11342 / Num. restraintsaints: 14982 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: FULL MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE, WITH BLOCK OF PARAMETERS SET FOR EACH CYCLE OF ANISOTROPIC REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 1015 5.25 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.172 19335 --
obs0.158 15068 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. 91 (1975) 201-228
原子変位パラメータBiso mean: 29.553 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.257 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 1106 / Occupancy sum non hydrogen: 1336.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 48 130 1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.099
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.08
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.48-1.560.245X-RAY DIFFRACTION19529
1.56-1.650.209X-RAY DIFFRACTION19879
1.65-1.750.186X-RAY DIFFRACTION19249
1.75-1.870.167X-RAY DIFFRACTION19029
1.87-2.020.147X-RAY DIFFRACTION19329
2.02-2.230.137X-RAY DIFFRACTION19559
2.23-2.560.135X-RAY DIFFRACTION19229
2.56-3.250.139X-RAY DIFFRACTION19059
3.25-300.176X-RAY DIFFRACTION19099
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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