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万見
- PDB-1rp5: PBP2x from Streptococcus pneumoniae strain 5259 with reduced susc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rp5
タイトルPBP2x from Streptococcus pneumoniae strain 5259 with reduced susceptibility to beta-lactam antibiotics
要素penicillin-binding protein 2x
キーワードTRANSPEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #70 / Alpha-Beta Plaits - #2110 / : / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #70 / Alpha-Beta Plaits - #2110 / : / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Single Sheet / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 2x
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pernot, L. / Chesnel, L. / Legouellec, A. / Croize, J. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A PBP2x from a clinical isolate of Streptococcus pneumoniae exhibits an alternative mechanism for reduction of susceptibility to beta-lactam antibiotics.
著者: Pernot, L. / Chesnel, L. / Le Gouellec, A. / Croize, J. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Structural Modifications Induced by the M339F Substitution in PBP2x from Streptococcus pneumoniae Further Decreases the Susceptibility to Beta-Lactams of Resistant Strains
著者: Chesnel, L. / Pernot, L. / Lemaire, D. / Champelovier, D. / Croize, J. / Dideberg, O. / Vernet, T. / Zapun, A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of pbp2x from a highly penicillin-resistant streptococcus pneumoniae clinical isolate
著者: Dessen, A. / Mouz, N. / Gordon, E. / Hopkins, J. / Dideberg, O.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of the penicillin-binding protein 2x from Streptococcus pneumoniae and its acyl-enzyme form: implication in drug resistance
著者: Gordon, E. / Mouz, N. / Duee, E. / Dideberg, O.
#4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of Streptococcus pneumoniae PBP2x, a primary penicillin target enzyme
著者: Pares, S. / Mouz, N. / Petillot, Y. / Hakenbeck, R. / Dideberg, O.
履歴
登録2003年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: penicillin-binding protein 2x
B: penicillin-binding protein 2x
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,0044
ポリマ－153,8122
非ポリマー1922
水81145
1
A: penicillin-binding protein 2x
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0022
ポリマ－76,9061
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: penicillin-binding protein 2x
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0022
ポリマ－76,9061
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.989, 194.989, 154.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

-
要素

#1: タンパク質 penicillin-binding protein 2x


分子量: 76906.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 5259 / 遺伝子: PBP2X / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061
参照: UniProt: P14677, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: PEG 1500, SODIUM ACETATE, AMMONIUM SULFATE, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
114 %PEG15001reservoir
250 mMsodium acetate1reservoirpH4.3
3200 mMammonium sulfate1reservoir
450 mMTris-HCl1droppH8.
5100 mM1dropNaCl
61 mMEDTA1drop
710 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→42 Å / Num. obs: 57788 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.4 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 77.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 657234 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.2 % / Rmerge(I) obs: 0.426

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QME

1qme


解像度: 3→42 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 4725 8.2 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.269 57622 --
obs-52897 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10260 0 10 45 10315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 631 8.1 %
Rwork0.36 7127 -
obs-7127 79.1 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 42 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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