PDB-1rgi: Crystal structure of gelsolin domains G1-G3 bound to actin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rgi

タイトル

Crystal structure of gelsolin domains G1-G3 bound to actin

要素

Actin, alpha skeletal muscle
Gelsolin

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / Domain movement

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament severing / barbed-end actin filament capping / cell projection assembly / actin polymerization or depolymerization / cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Burtnick, L.D. / Urosev, D. / Irobi, E. / Narayan, K. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of the N-terminal half of gelsolin bound to actin: roles in severing, apoptosis and FAF
著者: Burtnick, L.D. / Urosev, D. / Irobi, E. / Narayan, K. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2003年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE DURING THE COURSE OF THE CRYSTALLIZATION THE GELSOLIN BECAME CLEAVED. THE AUTHORS STATE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rgi.cif.gz	152.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rgi.ent.gz	117.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rgi_validation.pdf.gz	756.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rgi_full_validation.pdf.gz	770.2 KB	表示
XML形式データ	1rgi_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	1rgi_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/1rgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/1rgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p8zS 1d0n 1h1v 1p8x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y8s-d 3ffk-2 6t8k-d 1ym7-1 5xgb-d 4u7p-d 3cc1-d 2y8t-d 1avh-4 4z4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (14) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

G: Gelsolin

A: Actin, alpha skeletal muscle

ヘテロ分子

81.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.245, 145.245, 129.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Gelsolin / Actin-depolymerizing factor / ADF / Brevin 分子量: 38838.965 Da / 分子数: 1 / 断片: domains G1-G3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: Q28372
#2: タンパク質	Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin 1 分子量: 42096.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2% PEG 8000, 100 mM Sodium acetate, 1 mM CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0052 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0052 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / Num. all: 31104 / Num. obs: 31104 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.87 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.383 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS		精密化
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P8Z

1p8z

解像度: 3→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 13.213 / SU ML: 0.252 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.599 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25755	1570	5 %	RANDOM
R_work	0.22408	-	-	-
obs	0.22579	29527	97.53 %	-
all	-	31101	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5480	0	35	26	5541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.96	7623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3	11777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.922	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.094	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.207	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.509	1.5	3452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.005	2	5559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.436	3	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.52	4.5	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.003→3.079 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.421	105
R_work	0.301	2126

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9501	-1.0842	0.0863	2.2847	0.0882	3.1768	-0.1046	-0.0747	-0.2153	0.0673	0.0418	0.6026	0.2211	-0.5469	0.0628	0.4168	0.1	-0.1359	0.2823	-0.0306	0.4011	40.309	28.467	8.97
2	10.939	1.761	0.4726	6.7402	5.3085	17.6022	-0.1196	-1.3494	-0.3257	1.5786	0.4011	0.3906	1.0415	-0.238	-0.2814	0.8011	0.351	-0.0485	0.3578	0.1065	0.3078	49.293	23.706	28.312
3	2.8248	-1.8397	0.7971	3.0966	-1.17	3.0332	0.3865	0.5424	-0.6804	-0.4325	-0.0915	0.5319	0.6618	-0.0667	-0.295	0.6804	0.17	-0.2465	0.2363	-0.1977	0.3872	53.654	12.703	-5.08
4	3.7446	-0.4154	1.1687	1.7972	-0.2558	2.4586	0.1076	-0.1525	-0.3843	0.0794	0.0592	0.1695	0.4743	0.1229	-0.1668	0.6983	0.2327	-0.1229	0.0806	-0.0682	0.2666	68.992	11.216	13.796
5	1.9344	-0.4885	0.3752	1.8603	-0.6387	3.7789	0.1924	0.7011	-0.0217	-0.4379	-0.0063	0.321	0.5187	-0.1329	-0.1861	0.4012	0.15	-0.1675	0.4809	-0.0498	0.3096	46.997	32.712	-17.205
6	4.4535	-0.385	0.3022	7.713	4.3541	6.9209	-0.6925	-0.9424	0.6277	0.9214	1.1172	-1.5146	-0.1009	1.2589	-0.4247	0.6514	0.4334	-0.4825	0.8273	-0.3571	0.5864	61.588	46.873	33.214
7	31.1003	-2.6032	-6.9627	5.4558	7.2035	13.7865	-0.0556	-3.3737	2.1416	0.2966	0.4467	-0.9324	-1.481	1.5664	-0.3911	1.017	0.1419	-0.3	0.5283	-0.0769	0.561	58.794	59.174	39.268
8	7.7965	-2.7508	3.6349	7.0455	1.0259	7.7905	-0.2271	0.1389	0.2926	0.0791	0.131	-0.2093	-0.2352	0.3154	0.0961	0.387	0.2816	-0.1358	0.2499	-0.0954	0.242	39.273	52.852	23.313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	5 - 32	7 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	71 - 136	73 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	337 - 365	339 - 367
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	H	403 - 408	2 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	B	33 - 70	35 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	B	137 - 180	139 - 182
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	B	274 - 336	276 - 338
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	B	375	377
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	H	409	8
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	H	417 - 420	16 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	4	A	B	181 - 273	183 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	4	A	H	410 - 416	9 - 15
13	X-RAY DIFFRACTION	4	A	F	401	1
14	X-RAY DIFFRACTION	4	A	G	380	1
15	X-RAY DIFFRACTION	5	G	A	26 - 162	1 - 137
16	X-RAY DIFFRACTION	5	G	I	408	2
17	X-RAY DIFFRACTION	5	G	C - D	403 - 404	1
18	X-RAY DIFFRACTION	5	A	H	402	1
19	X-RAY DIFFRACTION	6	G	I	410 - 411	4 - 5
20	X-RAY DIFFRACTION	6	G	A	163 - 248	138 - 223
21	X-RAY DIFFRACTION	7	G	A	249 - 271	224 - 246
22	X-RAY DIFFRACTION	8	G	A	272 - 371	247 - 346
23	X-RAY DIFFRACTION	8	G	E	406	1
24	X-RAY DIFFRACTION	8	G	I	412 - 413	6 - 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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