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万見
- PDB-5xgb: Crystal structure of the PAS-GGDEF-EAL domain of PA0861 from Pseu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgb
タイトルCrystal structure of the PAS-GGDEF-EAL domain of PA0861 from Pseudomonas aeruginosa
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSCRIPTION / PAS domain / GGDEF-EAL domain / Pseudomonas aeruginosa / Biofilm / RbdA / PA0861
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. ...: / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EAL domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Liu, C. / Liew, C.W. / Sreekanth, R. / Lescar, J.
引用ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2018
タイトル: Insights into Biofilm Dispersal Regulation from the Crystal Structure of the PAS-GGDEF-EAL Region of RbdA from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Liu, C. / Liew, C.W. / Wong, Y.H. / Tan, S.T. / Poh, W.H. / Manimekalai, M.S.S. / Rajan, S. / Xin, L. / Liang, Z.X. / Gruber, G. / Rice, S.A. / Lescar, J.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.52024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4851
ポリマ－63,4851
非ポリマー00
水5,459303
1
A: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,9712
ポリマ－126,9712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
Buried area7650 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area48080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.720, 134.720, 210.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 63485.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-800 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA0861 / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q9I580
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/imidazole at pH 6.5, 0.1 M carboxylic acid, 10% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→70.2 Å / Num. obs: 33717 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4851 / CC1/2: 0.517 / Rpim(I) all: 0.454 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREPBALBES, BUCANEER位相決定
精密化解像度: 2.28→70.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.193
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 818 2.43 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 33717 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5459 Å20 Å20 Å2
2---1.5459 Å20 Å2
3---3.0917 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.28→70.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4318 0 0 303 4621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014395HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.115950HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1563SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes645HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4395HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion572SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5146SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.35 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 -2.25 %
Rwork0.2236 2819 -
all0.2246 2884 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.1164 Å / Origin y: 0.8088 Å / Origin z: 91.2216 Å
111213212223313233
T-0.0932 Å20.0065 Å20.0462 Å2--0.0514 Å2-0.0499 Å2---0.1014 Å2
L0.8098 °20.1288 °20.2023 °2-0.3488 °20.1187 °2--0.9511 °2
S0.0222 Å °0.0199 Å °0.0359 Å °-0.0381 Å °0.0308 Å °-0.0583 Å °-0.1018 Å °0.1171 Å °-0.053 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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