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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rgg | ||||||
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タイトル | HYDROLASE, GUANYLORIBONUCLEASE | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE (GUANYLORIBONUCLEASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevcik, J. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribonuclease from Streptomyces aureofaciens at atomic resolution. 著者: Sevcik, J. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. #1: ![]() タイトル: Complex of Ribonuclease from Streptomyces Aureofaciens with 2'-Gmp at 1.7A Resolution 著者: Sevcik, J. / Hill, C.P. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. #2: ![]() タイトル: Complex of Ribonuclease Sa with a Cyclic Nucleotide and a Proposed Model for the Reaction Intermediate 著者: Sevcik, J. / Zegers, I. / Wyns, L. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. #3: ![]() タイトル: Determination and Restrained Least-Squares Refinement of the Structures of Ribonuclease Sa and its Complex with 3'-Guanylic Acid at 1.8 A Resolution 著者: Sevcik, J. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. #4: ![]() タイトル: Comparison of Active Sites of Some Microbial Ribonucleases: Structural Basis for Guanylic Specificity 著者: Sevcik, J. / Sanishvili, R.G. / Pavlovsky, A.G. / Polyakov, K.M. #5: ![]() タイトル: Amino Acid Sequence Determination of Guanyl-Specific Ribonuclease Sa from Streptomyces Aureofaciens 著者: Shlyapnikov, S.V. / Both, V. / Kulikov, V.A. / Dementiev, A.A. / Sevcik, J. / Zelinka, J. #6: ![]() タイトル: Exocellular Ribonuclease from Streptomyces Aureofaciens. I. Isolation and Purification 著者: Bacova, M. / Zelinkova, E. / Zelinka, J. #7: ![]() タイトル: Exocellular Ribonuclease from Streptomyces Aureofaciens. II. Properties and Specificity 著者: Zelinkova, E. / Bacova, M. / Zelinka, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.97091, 0.23576, 0.04183), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10582.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | SECONDARY STRUCTURE BOUNDARIES HAVE BEEN DETERMINED USING SS PROGRAM (V.S.LAMZIN, EMBL HAMBURG) AS ...SECONDARY STRUCTURE BOUNDARIES | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / Num. obs: 60670 / % possible obs: 95.3 % / Num. measured all: 246637 / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.2→10 Å / Num. parameters: 16942 / Num. restraintsaints: 20335 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOU RECORDS CONTAIN ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS U11 U22 U33 U23 U13 U12 (ANGSTROMS**2) MULTIPLIED BY 10000. ISOTROPIC EQUIVALENTS OF ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTORS ARE ALSO PRESENTED IN THIS ENTRY.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BASED ON BABINET'S PRINCIPLE | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 11 / Occupancy sum non hydrogen: 1840 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-96 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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