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- PDB-1reu: Structure of the bone morphogenetic protein 2 mutant L51P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1reu
タイトルStructure of the bone morphogenetic protein 2 mutant L51P
要素bone morphogenetic protein 2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / TGF-beta fold / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development ...cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / enzyme activator complex / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / mesenchyme development / ameloblast differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / aortic valve development / pericardium development / telencephalon regionalization / heart induction / positive regulation of cartilage development / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMP receptor complex / proteoglycan metabolic process / co-receptor binding / lung vasculature development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / telencephalon development / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / endocardial cushion formation / Transcriptional regulation by RUNX2 / phosphatase activator activity / positive regulation of astrocyte differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / cardiac muscle cell differentiation / astrocyte differentiation / cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of ossification / positive regulation of p38MAPK cascade / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / odontogenesis of dentin-containing tooth / inner ear development / negative regulation of cell cycle / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / osteoclast differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / animal organ morphogenesis / cytokine activity / skeletal system development / response to bacterium / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein destabilization / bone development / positive regulation of miRNA transcription / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of protein phosphorylation / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / heart development / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / cilium / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
: / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. ...: / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Keller, S. / Nickel, J. / Zhang, J.-L. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Molecular recognition of BMP-2 and BMP receptor IA.
著者: Keller, S. / Nickel, J. / Zhang, J.L. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of human bone morphogenetic protein-2 at 2.7 A resolution
著者: Scheufler, C. / Sebald, W. / Huelsmeyer, M.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the BMP-2-BRIA ectodomain complex
著者: Kirsch, T. / Sebald, W. / Dreyer, M.K.
履歴
登録2003年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bone morphogenetic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7343
ポリマ－11,4981
非ポリマー2362
水23413
1
A: bone morphogenetic protein 2
ヘテロ分子

A: bone morphogenetic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4696
ポリマ－22,9962
非ポリマー4734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_444x-y-1/3,-y-2/3,-z-2/31
Buried area3640 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA, PQS
2
A: bone morphogenetic protein 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,40618
ポリマ－68,9886
非ポリマー1,41812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area9410 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area35140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.292, 94.292, 102.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH32
詳細The biological assembly is a dimer generated by the two fold axis (disulfide bonded homodimer): 2/3+x-y, 1/3-y, 1/3-z

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要素

#1: タンパク質 bone morphogenetic protein 2


分子量: 11498.064 Da / 分子数: 1 / 断片: mature part / 変異: L51P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pN25c109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12643
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: lithium sulfate, tert-butanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月10日 / 詳細: Osmic ConfocalBlue
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→19.76 Å / Num. all: 5624 / Num. obs: 5624 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 101.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 72.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BMP

3bmp


解像度: 2.65→19.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 1489344.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 259 5.3 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.216 5624 --
obs0.2151 4918 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.4107 Å2 / ksol: 0.310865 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.21 Å24.25 Å20 Å2
2--4.21 Å20 Å2
3----8.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数804 0 16 13 833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.057 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 35 5.6 %
Rwork0.332 587 -
obs-377 72.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MPD_XPLOR_PAR.PROMPD_XPLOR_TOP.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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