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- PDB-1rck: THE THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF GUANINE-SPECIFIC RIBONUCLEASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rck
タイトルTHE THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF GUANINE-SPECIFIC RIBONUCLEASE F1 IN SOLUTION DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY AND DISTANCE GEOMETRY
要素RIBONUCLEASE F1
キーワードHYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease F1
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella fujikuroi (菌類)
手法溶液NMR
データ登録者Nakai, T. / Yoshikawa, W. / Nakamura, H. / Yoshida, H.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1992
タイトル: The three-dimensional structure of guanine-specific ribonuclease F1 in solution determined by NMR spectroscopy and distance geometry.
著者: Nakai, T. / Yoshikawa, W. / Nakamura, H. / Yoshida, H.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Accurate Determination of Protein Conformations by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy and Distance Geometry and Analysis of Their Structural Features
著者: Nakai, T.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structures of Ribonuclease F1 of Fusarium Moniliforme in its Free Form and in Complex with 2'Gmp
著者: Vassylyev, D.G. / Katayanagi, K. / Ishikawa, K. / Tsujimoto-Hirano, M. / Danno, M. / Pahler, A. / Matsumoto, O. / Matsushima, M. / Yoshida, H. / Morikawa, K.
履歴
登録1994年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9901
ポリマ－10,9901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 1 / 2: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 1 / 3: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 1 / 4: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 2 / 5: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 2 / 6: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 3 / 7: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 3 / 8: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 3 / 9: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 4 / 10: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 4 / 11: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 5 / 12: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 5 / 13: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 6 / 14: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 6 / 15: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 7 / 16: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 7 / 17: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 8 / 18: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 8 / 19: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 8 / 20: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 9 / 21: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 9 / 22: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 10 / 23: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 10 / 24: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 11 / 25: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 11 / 26: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 12 / 27: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 12 / 28: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 13 / 29: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 13 / 30: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 14 / 31: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 14 / 32: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 15 / 33: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 15 / 34: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 16 / 35: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 16 / 36: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 16 / 37: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 17 / 38: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 17 / 39: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 18 / 40: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 18 / 41: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 18 / 42: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 19 / 43: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 19 / 44: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 20 / 45: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 20 / 46: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 21 / 47: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 21 / 48: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 21 / 49: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 22 / 50: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 22 / 51: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 22 / 52: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 23 / 53: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 23 / 54: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 24 / 55: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 24 / 56: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 25 / 57: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 25 / 58: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 25 / 59: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 26 / 60: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 26 / 61: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 27 / 62: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 27 / 63: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 28 / 64: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 28 / 65: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 29 / 66: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 29 / 67: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 30 / 68: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 30 / 69: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 30 / 70: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 31 / 71: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 31 / 72: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 31 / 73: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 32 / 74: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 32 / 75: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 32 / 76: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 33 / 77: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 33 / 78: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 34 / 79: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 34 / 80: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 34 / 81: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 35 / 82: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 35 / 83: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 36 / 84: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 36 / 85: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 37 / 86: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 37 / 87: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 38 / 88: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 38 / 89: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 39 / 90: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 39 / 91: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 40 / 92: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 40 / 93: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 40 / 94: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 41 / 95: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 41 / 96: CIS PROLINE - PRO 72 MODEL 41 / 97: CIS PROLINE - PRO 39 MODEL 42 / 98: CIS PROLINE - PRO 55 MODEL 42
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)42 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE F1


分子量: 10989.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gibberella fujikuroi (菌類) / 参照: UniProt: P10282, EC: 3.1.27.3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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解析

NMR software
名称開発者分類
EMBOSSNAKAI,KIDERA,NAKAMURA精密化
PRESTOMORIKAMI,NAKAI,KIDERA,SAITO,NAKAMURA精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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