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- PDB-1rb0: CRYSTAL STRUCTURE OF A BINARY COMPLEX OF E. COLI HPPK WITH 6-HYDR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rb0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A BINARY COMPLEX OF E. COLI HPPK WITH 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE AT 1.35 ANGSTROM RESOLUTION
要素2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / PYROPHOSPHOKINASE / PYROPHOSPHORYL TRANSFER / CATALYTIC MECHANISM / FOLATE / HPPK / PTERIN / 6-HYDROXYMETHYL-7 / 8-DIHYDROPTERIN / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / TERNARY COMPLEX / BINARY COMPLEX / SUBSTRATE SPECIFICITY / PRODUCT RELEASE / ANTIMICROBIAL AGENT / DRUG DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Reaction trajectory of pyrophosphoryl transfer catalyzed by 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase.
著者: Blaszczyk, J. / Shi, G. / Li, Y. / Yan, H. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin Pyrophosphokinase, a Potential Target for the Development of Novel Antimicrobial Agents
著者: Xiao, B. / Shi, G. / Chen, X. / Yan, H. / Ji, X.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Catalytic Center Assembly of Hppk as Revealed by the Crystal Structure of a Ternary Complex at 1.25 A Resolution
著者: Blaszczyk, J. / Shi, G. / Yan, H. / Ji, X.
履歴
登録2003年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3202
ポリマ－17,9671
非ポリマー3531
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.591, 67.519, 35.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-89-

TRP

21A-298-

HOH

31A-479-

HOH

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要素

#1: タンパク質 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin ...7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin pyrophosphokinase / PPPK


分子量: 17966.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FOLK, B0142 / プラスミド: PET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-HH2 / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE / [PTERIN-6-YL METHANYL]-PHOSPHONOPHOSPHATE


分子量: 353.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O8P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, ACETATE, SODIUM AZIDE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97793 / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 27560 / Num. obs: 27560 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.79 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.4146
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.423 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.252 / Num. unique all: 2664 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1Q0N

1q0n


解像度: 1.35→30 Å / Num. parameters: 12488 / Num. restraintsaints: 16542 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: LEAST-SQUARES ANISOTROPIC REFINEMENT USING THE KONNERT-HENDRICKSON CONJUGATE-GRADIENT ALGORITHM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 1297 4.946 %RANDOM
Rwork0.1374 ---
all-26223 --
obs-20385 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1975) 201-228
原子変位パラメータBiso mean: 15.599 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.161 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1581
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 22 298 1636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.099
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.157
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.35-1.420.204X-RAY DIFFRACTION27419
1.42-1.50.175X-RAY DIFFRACTION25129
1.5-1.60.15X-RAY DIFFRACTION26429
1.6-1.720.135X-RAY DIFFRACTION26779
1.72-1.870.123X-RAY DIFFRACTION25809
1.87-2.070.118X-RAY DIFFRACTION25879
2.07-2.430.11X-RAY DIFFRACTION26339
2.43-3.230.117X-RAY DIFFRACTION26019
3.23-300.159X-RAY DIFFRACTION20599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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