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- PDB-1r8m: SEC7 DOMAIN OF THE ARF EXCHANGE FACTOR ARNO WITH BREFELDIN A-SENS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r8m
タイトルSEC7 DOMAIN OF THE ARF EXCHANGE FACTOR ARNO WITH BREFELDIN A-SENSITIZING MUTATIONS
要素Arno
キーワードExchange Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Intra-Golgi traffic / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / regulation of ARF protein signal transduction / bicellular tight junction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / endocytosis / growth cone / actin cytoskeleton organization / Golgi membrane ...Intra-Golgi traffic / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / regulation of ARF protein signal transduction / bicellular tight junction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / endocytosis / growth cone / actin cytoskeleton organization / Golgi membrane / lipid binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 ...Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / Cytohesin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Renault, L. / Guibert, B. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Structural snapshots of the mechanism and inhibition of a guanine nucleotide exchange factor
著者: Renault, L. / Guibert, B. / Cherfils, J.
履歴
登録2003年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE The engineered mutations in the Arno structure (F190Y, A191S, S198D, P208M) are Brefeldin ...SEQUENCE The engineered mutations in the Arno structure (F190Y, A191S, S198D, P208M) are Brefeldin A- sensitizing mutations.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Arno
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6163
ポリマ－23,5151
非ポリマー1012
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.429, 95.775, 33.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Arno / ARF nucleotide-binding site opener / cytohesin 2 / ARF exchange factor


分子量: 23514.754 Da / 分子数: 1 / 断片: Sec7 domain / 変異: F190Y/A191S/S198D/P208M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSCD2, ARNO / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: Q99418
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 190mM Sodium Formate, 100mM Hepes, 18mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.1 mMprotein1drop
220 mMTris1reservoirpH8
320 mM1reservoirKCl
42.5 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM30A10.979
シンクロトロンESRF ID14-320.933
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9331
反射解像度: 1.7→33 Å / Num. obs: 21082 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 17.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 1.76 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 65.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PBV

1pbv


解像度: 1.7→32.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.465 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23136 1083 5.1 %RANDOM
Rwork0.19209 ---
obs0.19414 19998 93.12 %-
all-21082 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.59 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 4 119 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0221624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.9712182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09133435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3325195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.02334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2903
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3650.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3280.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3061.5976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24521563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8213648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.984.5619
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.751 Å / Total num. of bins used: 19 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 63
Rwork0.23 1254
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.1822 Å / Origin y: -1.4654 Å / Origin z: 13.5916 Å
111213212223313233
T0.0217 Å2-0.0086 Å2-0.0023 Å2-0.0563 Å2-0.021 Å2--0.0456 Å2
L0.3859 °20.1159 °20.1363 °2-1.2374 °20.1843 °2--0.7605 °2
S0.0275 Å °0.0272 Å °0.0395 Å °0.0013 Å °-0.0848 Å °0.0533 Å °0.0106 Å °-0.0721 Å °0.0573 Å °
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 33 Å / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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