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- PDB-1r1a: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 1A (HRV1A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r1a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 1A (HRV1A)
要素
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
キーワードVIRUS / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kim, S. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal structure of human rhinovirus serotype 1A (HRV1A).
著者: Kim, S.S. / Smith, T.J. / Chapman, M.S. / Rossmann, M.G. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Felock, P.J. / Diana, G.D. / McKinlay, M.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録1989年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01990年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年2月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年3月15日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_remark
改定 3.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8295
ポリマ－92,4864
非ポリマー3421
水00
1
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,569,714300
ポリマ－5,549,176240
非ポリマー20,53860
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 464 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,14325
ポリマ－462,43120
非ポリマー1,7115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 557 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)556,97130
ポリマ－554,91824
非ポリマー2,0546
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 928 kDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)928,28650
ポリマ－924,86340
非ポリマー3,42310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)341.300, 341.300, 465.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.56363135, -0.75576154, 0.33338397), (0.75581305, 0.30901668, -0.57728236), (0.33326614, 0.57735015, 0.74538593)110.09668, 6.33845, -84.09901
3generate(-0.14242854, -0.46703455, 0.87269318), (0.46717012, -0.80901718, -0.35671208), (0.87261991, 0.35688978, 0.33341172)139.323, 140.05852, -106.43423
4generate(-0.14242891, 0.46717008, 0.87262064), (-0.46703407, -0.80901679, 0.3568902), (0.87269274, -0.35671236, 0.33341172)47.28918, 216.36362, -36.13915
5generate(0.56363075, 0.7558133, 0.33326659), (-0.75576107, 0.30901731, 0.57735039), (0.33338398, -0.57728238, 0.74538593)-38.81717, 129.8027, 29.64083
6generate(0.16673337, 0.64541332, -0.74541405), (-0.64552899, -0.49999974, -0.57731465), (-0.74531312, 0.57744419, 0.33326637)165.42984, 325.18945, 147.95292
7generate(0.3333667, -0.35693209, -0.87262064), (-0.93414613, 4.502E-5, -0.3568902), (0.1274244, 0.93413027, -0.33341172)250.56614, 299.50122, 41.52915
8generate(-0.37269292, -0.86605136, -0.33324944), (-0.64541945, 0.49995502, -0.57747627), (0.6667334, -0.00013592, -0.74529608)358.39285, 226.66923, 89.51868
9generate(-0.97569509, -0.17835896, 0.12730688), (-0.1783594, 0.30887163, -0.93423039), (0.12730717, -0.93423027, -0.33317653)339.89712, 207.34481, 225.60162
10generate(-0.64231131, 0.75577758, -0.12742485), (-0.1784271, -0.30913439, -0.9341305), (-0.74538556, -0.57726613, 0.33341172)220.63943, 268.23366, 261.71597

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要素

#1: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)


分子量: 32610.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / プラスミド: CLASSIFIED / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#2: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)


分子量: 29114.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / プラスミド: CLASSIFIED / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#3: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)


分子量: 26176.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / プラスミド: CLASSIFIED / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#4: タンパク質・ペプチド HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)


分子量: 4583.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / プラスミド: CLASSIFIED / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#5: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 6 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.15 Mammonium formate11
23-5 mg/mlvirus12

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.2→10 Å /
Rfactor反射数
obs0.293 121431
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6223 0 23 0 6246
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.293
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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