PDB-1qy9: Crystal structure of E. coli Se-MET protein YDDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qy9

タイトル

Crystal structure of E. coli Se-MET protein YDDE

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / PUTATIVE PHENAZINE BIOSYNTHESIS PROTEIN / EPIMERASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換） / biosynthetic process / isomerase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Grassick, A. / Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Bourne, Y.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of E. coli yddE protein reveals a striking homology with diaminopimelate epimerase
著者: Grassick, A. / Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Bourne, Y.

履歴

登録	2003年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qy9.cif.gz	242.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qy9.ent.gz	203.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qy9_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qy9_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	1qy9_validation.xml.gz	48.1 KB	表示
CIF形式データ	1qy9_validation.cif.gz	69.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/1qy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/1qy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qyaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b94-d 1qya-d 4uzd-d 6c3e-1 6smv-d 1c4o-d 2clp-2 1y11-d 4d28-1 6gv2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

B: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

C: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

D: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

B: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

D: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.035, 56.529, 148.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.67, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN yddE / ORFB 分子量: 32639.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YDDE / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P37757
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 12% MPEG 5000, 0.2 M SODIUM ACETATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.954
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月11日
放射	プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 80627 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.578 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20672	1630	2 %	RANDOM
R_work	0.17129	-	-	-
obs	0.17203	80286	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.184 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0.24 Å²
2-	-	-0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9063	0	19	620	9702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	9297
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.943	12659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.762	3	19668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.188	5	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	9413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.126	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.256	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.718	1.5	5891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.382	2	9545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.031	3	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.394	4.5	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.244	125
R_work	0.2	5889

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2757	-0.366	-0.0469	0.6541	0.3575	0.8757	-0.0041	-0.0572	-0.0567	0.0436	0.002	-0.0058	0.1451	0.0288	0.0021	0.0238	-0.0054	0.0044	0.026	0.0359	0.056	-23.6111	-4.6535	40.4948
2	0.4962	-0.0043	0.3647	0.779	-0.7962	2.112	-0.045	0.1004	0.1176	-0.0938	-0.0684	0.0586	-0.0297	0.0304	0.1134	0.1417	0.012	-0.0131	0.042	0.018	0.1162	-24.3607	0.3963	3.5257
3	0.6832	0.2091	-0.2946	0.756	0.2248	0.4618	-0.0136	0.095	-0.0872	-0.0706	0.0825	-0.0871	0.0968	0.1252	-0.0688	0.0346	0.0313	-0.0067	0.0936	0.0087	0.0527	19.6355	0.0615	37.9473
4	0.2663	-0.0436	-0.3655	0.5595	-0.6621	1.3069	0.0141	-0.0463	0.0127	0.0051	-0.0721	-0.0344	-0.001	0.0772	0.0579	0.0344	0.0028	-0.0089	0.1107	0.0052	0.0877	0.7733	2.56	69.7825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 297	3 - 297
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 297	3 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 297	2 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 297	2 - 297

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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