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- PDB-1qsu: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRIPLE-HELICAL COLLAGEN-LIKE PEPTIDE, (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qsu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TRIPLE-HELICAL COLLAGEN-LIKE PEPTIDE, (PRO-HYP-GLY)4-GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5
要素PROTEIN ((PRO-HYP-GLY)4- GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TRIPLE HELIX
手法X線回折 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kramer, R.Z. / Venugopal, M. / Bella, J. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Staggered molecular packing in crystals of a collagen-like peptide with a single charged pair.
著者: Kramer, R.Z. / Venugopal, M.G. / Bella, J. / Mayville, P. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
履歴
登録1999年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN ((PRO-HYP-GLY)4- GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5)
B: PROTEIN ((PRO-HYP-GLY)4- GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5)
C: PROTEIN ((PRO-HYP-GLY)4- GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2173
ポリマ－8,2173
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area4900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.326, 26.573, 45.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN ((PRO-HYP-GLY)4- GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5)


分子量: 2738.892 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Collagen-like model sequence.
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4K, tris HCl, Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlpeptide1drop
215 %PEG40001drop
30.1 MTris-HCl1drop
40.3 M1dropLi2SO4
50.1 MTris1reservoir
60.6 M1reservoirLi2SO4
730 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.75 Å / Num. all: 7286 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 0
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique all: 718 / % possible all: 99.86
反射
*PLUS
Num. obs: 5745
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MERLOT位相決定
CNS精密化
CAD4データ削減
MOLENデータスケーリング
精密化解像度: 1.75→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 540 9.9 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs-5480 75.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 7.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0.39 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数569 0 0 153 722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 67 10.7 %
Rwork0.286 559 -
obs--53.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2HYP.PAR3
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.24
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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