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万見
- PDB-1qs7: The 1.8 angstrom structure of calmodulin rs20 peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qs7
タイトルThe 1.8 angstrom structure of calmodulin rs20 peptide complex
要素
  • CALMODULIN
  • RS20
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/PEPTIDE / CALMODULIN / CALCIUM BINDING / HELIX-LOOP-HELIX / SIGNALLING / COMPLEX(CALCIUM-BINDING PROTEIN-PEPTIDE) / METAL BINDING PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / myosin II complex / cleavage furrow / stress fiber / lamellipodium / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding ...tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / myosin II complex / cleavage furrow / stress fiber / lamellipodium / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand domain pair / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / EF-hand domain-containing protein / Myosin light chain kinase, smooth muscle / Myosin light chain kinase, smooth muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Weigand, S. / Anderson, W.F.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: High Resolution Structure of a Calmodulin Rs20 Peptide Complex
著者: Weigand, S. / Shuvalova, L. / Lukas, T.J. / Mirzoeva, S. / Watterson, D.M. / Anderson, W.F.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Analysis of the Functional Coupling between Calmodulin's Calcium Binding and Peptide Recognition Properties
著者: Mirzoeva, S. / Weigand, S. / Lukas, T.J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Watterson, D.M.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Target Enzyme Recognition by Calmodulin: 2.4 A Structure of a Calmodulin- Peptide Complex
著者: Meador, W.E. / Means, A.R. / Quiocho, F.A.
履歴
登録1999年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN
B: RS20
C: CALMODULIN
D: RS20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,63212
ポリマ－37,3114
非ポリマー3218
水4,756264
1
A: CALMODULIN
B: RS20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8166
ポリマ－18,6562
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
2
C: CALMODULIN
D: RS20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8166
ポリマ－18,6562
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area8490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.016, 54.481, 66.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.759, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CALMODULIN


分子量: 16327.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: Synthetic Construct / プラスミド: PVUCH-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UT481 / 参照: GenBank: 208092, UniProt: A0MMD0*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド RS20


分子量: 2327.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: PEPTIDE ANALOG OF THE CALMODULIN RECOGNITION REGION OF CHICKEN SMOOTH MUSCLE/ NONMUSCLE MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE
参照: UniProt: P19038, UniProt: P11799*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE PRESENCE OR ABSENCE OF THE FORMYL BLOCKING GROUP ON TRYPTOPHAN-4 OF THE PEPTIDE HAS NO EFFECT ...THE PRESENCE OR ABSENCE OF THE FORMYL BLOCKING GROUP ON TRYPTOPHAN-4 OF THE PEPTIDE HAS NO EFFECT ON THE CALCIUM BINDING PROPERTIES OF THE WILD-TYPE CALMODULIN. (UNPUBLISHED)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% (W/V) PEG 8000, 50 MM SODIUM ACETATE 5 MM CALCIUM CHLORIDE 0.01% (W/V) SODIUM AZIDE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 107 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月7日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→28.87 Å / Num. all: 39297 / Num. obs: 32557 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.59→1.84 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VRK

1vrk


解像度: 1.8→28.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1057648.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: ENGH, R.A. AND HUBER, R. (1991). ACTA CRYST. A47, 392-400.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2493 9.7 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 25684 94.4 %-
all-27212 --
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.86 Å20 Å20.6 Å2
2---1.66 Å20 Å2
3----5.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2587 0 8 264 2859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 167 9.4 %
Rwork0.373 1608 -
obs--92.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MYCNSLIB:PROTEIN.PARAMMYCNSLIB:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MYCNSLIB:ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MYCNSLIB:WATER.PARAMMYCNSLIB:NFW.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MYCNSLIB:PATCHES.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MYCNSLIB:NFW.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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