PDB-1qrv: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HMG-D AND DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qrv

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HMG-D AND DNA

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN D

キーワード

GENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HMG DOMAIN / NON-SEQUENCE SPECIFIC CHROMOSOMAL PROTEIN HMG-D / GENE REGULATION-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial transcription initiation / Mitochondrial protein degradation / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / chromatin organization / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Murphy IV, F.V. / Sweet, R.M. / Churchill, M.E.A.

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: The structure of a chromosomal high mobility group protein-DNA complex reveals sequence-neutral mechanisms important for non-sequence-specific DNA recognition.
著者: Murphy IV, F.V. / Sweet, R.M. / Churchill, M.E.

履歴

登録	1999年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qrv.cif.gz	55.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qrv.ent.gz	38.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/1qrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/1qrv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cg7 1ckt 1hma 1hmf 1hrz 2lef
類似構造データ	3cyq-7 1jcg-d 5xua-4 5xua-2 4jzq-1 5xua-3 6laz-2 4xh3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5)

登録構造単位

C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

A: HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN D

B: HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN D

ヘテロ分子

22.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.740, 53.797, 86.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPAPTPAPTPCPGPC)-3') 分子量: 3045.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質	HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN D / HMG-D 分子量: 8370.515 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-74 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PET13A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q05783
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %

結晶化

温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85
詳細: PEG 3350, TRIZMA-CL, NACL, pH 7.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 3350,	1	1
2	TRIZMA-CL	1	1
3	NACL	1	1
4	PEG 3350,	1	2
5	TRIZMA-CL	1	2
6	NACL	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Murphy, F.V., (1999) Acta Crystallogr. D55, 1594.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	5 mM	protein solution	1	drop
2	23 %	PEG4000	1	reservoir
3	10 mM	HEPES	1	reservoir
4			1
5			1
6			1

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)	波長
シンクロトロン	NSLS	X12C		1	0.9000,0.9211,0.92157,1.05
回転陽極			RIGAKU RU300	2	1.5418	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
BRANDEIS - B4	1	CCD	1998年8月15日
RIGAKU RAXIS IIC	2	IMAGE PLATE	1996年7月2日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	0.9211	1
3	0.92157	1
4	1.05	1
5	1.5418	1

反射

解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 10672 / Num. obs: 10672 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24.2

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.198 / % possible all: 97.9

反射

*PLUS

Num. measured all: 94446

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 97.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
SHARP		位相決定
CNS	0.5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.2→20 Å / R_factor R_free error: 0.012 / Data cutoff high absF: 931772.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: PROTEIN: ENGH & HUBER, DNA: PARKINSON ET AL.
詳細: USED CROSS VALIDATED MAXIMUM LIKELIHOOD PROCEDURE INSTITUTED IN CNS 0.5.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	560	5.2 %
R_work	0.238	-	-
obs	0.238	10672	97.9 %
all	-	10672	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 32.39 Å² / k_sol: 0.294 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.38 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.39 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.29 Å	0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1160	423	1	116	1700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	18.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.11
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.18	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.32	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.34	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.64	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.34 Å / R_factor R_free error: 0.036 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	87	5 %
R_work	0.266	1648	-
obs	-	-	97.6 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PA	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	DNA-RNA_REP.PA	DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM	ION.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 5.2 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 34.2 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	18.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.11
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.332 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_work: 0.266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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