PDB-3cyq: The crystal structure of the complex of the C-terminal domain of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cyq

タイトル

The crystal structure of the complex of the C-terminal domain of Helicobacter pylori MotB (residues 125-256) with N-acetylmuramic acid

要素

Chemotaxis protein motB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Helicobacter pylori / bacterial flagellar motor / peptidoglycan binding / Bacterial flagellum / Chemotaxis / Flagellar rotation / Inner membrane / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum stator complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Roujeinikova, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the cell wall anchor domain of MotB, a stator component of the bacterial flagellar motor: implications for peptidoglycan recognition.

履歴

登録	2008年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/3cyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/3cyq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3cyp
類似構造データ	3imp-2 3cyp-2 3imp-1 3imp-3 3imp-4 1s9h-2 3imp-5 3cyp-1 3imp-6 6xar-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Chemotaxis protein motB

C: Chemotaxis protein motB

D: Chemotaxis protein motB

E: Chemotaxis protein motB

F: Chemotaxis protein motB

G: Chemotaxis protein motB

H: Chemotaxis protein motB

I: Chemotaxis protein motB

A: Chemotaxis protein motB

J: Chemotaxis protein motB

K: Chemotaxis protein motB

L: Chemotaxis protein motB

M: Chemotaxis protein motB

N: Chemotaxis protein motB

O: Chemotaxis protein motB

P: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

256 kDa, 16 ポリマー
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1

B: Chemotaxis protein motB

C: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Chemotaxis protein motB

E: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Chemotaxis protein motB

J: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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4

M: Chemotaxis protein motB

N: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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5

O: Chemotaxis protein motB

P: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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6

H: Chemotaxis protein motB

I: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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7

F: Chemotaxis protein motB

G: Chemotaxis protein motB

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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8

K: Chemotaxis protein motB

L: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
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9

A: Chemotaxis protein motB

J: Chemotaxis protein motB

K: Chemotaxis protein motB

L: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 4 ポリマー
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10

B: Chemotaxis protein motB

C: Chemotaxis protein motB

D: Chemotaxis protein motB

E: Chemotaxis protein motB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 4 ポリマー
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11

M: Chemotaxis protein motB

N: Chemotaxis protein motB

O: Chemotaxis protein motB

P: Chemotaxis protein motB

ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 4 ポリマー
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12

F: Chemotaxis protein motB

G: Chemotaxis protein motB

H: Chemotaxis protein motB

I: Chemotaxis protein motB

ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.781, 110.058, 113.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Chemotaxis protein motB / Motility protein B

分子量: 15939.984 Da / 分子数: 16 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 126-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: motB / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P56427

#2: 糖

ChemComp-AMU / N-acetyl-beta-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / BETA-N-ACETYLMURAMIC ACID

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₈

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM Tris/HCl, 16-18% PEG 3350, 200 mM sodium tartrate, 10 mM N-acetylmuramic acid, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→109.76 Å / Num. obs: 103524 / % possible obs: 96 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / R_merge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 15.97 / SU ML: 0.201 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	5187	5 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.22	103503	96.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.046 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.63 Å²	0 Å²	0.22 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17110	0	40	1274	18424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	17537
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.947	23745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.092	3	29029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.217	5	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.056	24.362	917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.952	15	3036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.41	15	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	19534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	12767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	8530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	9235
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.238	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.217	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.22	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.621	6	13735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.054	6	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.246	8	17374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.87	8	7805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.461	12	6371

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	407	-
R_work	0.266	7408	-
all	-	7815	-
obs	-	-	97.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7561	-0.2469	0.1136	1.9488	-0.3339	1.1122	0.107	0.1903	-0.2331	0.0239	0.0161	-0.1517	0.0797	0.0585	-0.123	-0.0549	0.0139	0.0027	-0.1422	-0.0109	0.0188	59.963	-12.361	-5.295
2	1.7084	-0.1116	-0.1537	2.7247	-1.151	2.0541	0.0911	-0.1839	0.332	0.1796	-0.1022	-0.389	-0.2446	0.2879	0.0112	-0.0673	-0.0407	0.0144	-0.1227	-0.0232	0.0643	60.14	11.586	4.704
3	1.3995	-0.0213	-0.1571	3.4324	0.0601	1.6923	0.0044	-0.0947	-0.0142	0.2008	0.0604	0.0626	0.0392	-0.1445	-0.0648	-0.0666	0.0085	0.0494	-0.0899	0.0139	-0.0851	36.635	-1.645	12.449
4	1.8982	-0.2489	-0.4235	4.6366	0.2828	2.4113	0.092	0.2885	-0.0355	-0.4212	-0.0194	0.3696	-0.1163	-0.3982	-0.0726	-0.0781	0.0362	-0.0266	-0.047	0.0007	-0.0747	36.484	1.475	-13.036
5	2.3397	-0.0214	0.1008	3.1498	-0.3394	1.3338	0.0502	-0.2713	-0.0009	0.2549	-0.0018	0.064	-0.0583	0.1075	-0.0484	-0.0942	-0.0237	0.0161	-0.0945	-0.0153	-0.0429	14.207	52.721	12.825
6	1.3969	-0.2628	0.0237	4.0281	-0.4802	2.6538	-0.0131	0.1965	-0.0228	-0.3902	0.0531	-0.2785	0.1303	0.303	-0.0399	-0.1013	0.0039	0.0376	-0.0857	-0.0298	-0.0517	14.519	49.999	-13.065
7	1.6229	0.0321	0.05	2.0435	0.3372	0.6756	0.0502	0.193	0.1286	0.0149	-0.0481	0.2121	-0.0961	-0.0248	-0.0021	-0.0987	0.034	-0.0031	-0.1331	-0.0295	0.0459	-8.833	63.499	-5.247
8	2.5015	-0.0405	0.395	2.8045	1.3731	2.7512	0.1313	-0.3056	-0.4458	0.1185	-0.1579	0.5042	0.1767	-0.3569	0.0265	-0.1498	-0.0571	-0.0032	-0.153	0.0296	0.1721	-9.406	39.705	4.455
9	1.5651	-0.1293	0.0322	1.5631	-0.4547	1.3905	0.0761	0.18	-0.2589	-0.0209	0.0131	-0.185	0.1261	0.0708	-0.0891	-0.066	0.0223	-0.0011	-0.1255	-0.0171	0.0335	74.278	-12.302	-60.325
10	1.9475	-0.1716	-0.3013	2.5984	-1.2323	2.1586	0.0607	-0.1798	0.3305	0.1602	-0.0859	-0.3145	-0.2394	0.324	0.0253	-0.0806	-0.0471	0.0152	-0.1171	-0.0236	0.0575	74.503	11.693	-50.1
11	1.3838	0.0747	-0.2421	3.4427	-0.0147	1.6388	0.0189	-0.1439	-0.0227	0.2352	0.0338	0.0067	0.0418	-0.1067	-0.0528	-0.0552	0.0161	0.0548	-0.0869	0.0256	-0.0867	50.936	-1.589	-42.565
12	1.6171	-0.4007	-0.0971	4.574	0.1107	2.2077	0.0819	0.2391	-0.0023	-0.4595	0.013	0.3319	-0.0824	-0.3361	-0.0949	-0.0893	0.0266	-0.0245	-0.0488	0.0252	-0.0588	50.824	1.54	-68.042
13	2.21	0.282	0.1118	3.8439	-0.1208	1.3642	0.0614	-0.2582	0.0269	0.2376	0.0107	0.0658	-0.0776	0.1204	-0.0722	-0.1134	-0.0123	0.0105	-0.0773	-0.0245	-0.0653	28.519	52.771	-42.16
14	1.6587	-0.3596	0.1837	4.4153	-0.3227	2.4222	-0.0658	0.1987	-0.0821	-0.3552	0.0683	-0.2387	0.0702	0.2863	-0.0025	-0.0998	-0.0029	0.0653	-0.096	-0.0233	-0.0525	28.833	50.073	-68.065
15	2.1007	-0.1762	-0.0074	1.9324	0.471	1.4245	0.0532	0.2167	0.1636	-0.0687	-0.0216	0.1471	-0.1294	-0.0793	-0.0316	-0.1008	0.0183	0.0067	-0.157	-0.0114	0.0439	5.467	63.56	-60.245
16	2.3291	0.0676	0.7154	3.1595	1.4267	2.7192	0.1776	-0.3206	-0.4495	0.0753	-0.127	0.4241	0.1946	-0.3033	-0.0506	-0.1418	-0.0534	-0.009	-0.1529	0.0459	0.1281	4.92	39.778	-50.564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	A	119 - 251	1 - 133
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	B	119 - 251	1 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	C	119 - 250	1 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	D	119 - 250	1 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	E	119 - 251	1 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	F	119 - 252	1 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	G	119 - 250	1 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	I	H	119 - 250	1 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	I	119 - 251	1 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	119 - 252	1 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	119 - 250	1 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	119 - 250	1 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	M	119 - 251	1 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	N	119 - 252	1 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	O	119 - 250	1 - 132
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	P	119 - 250	1 - 132

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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