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万見
- PDB-1hmf: STRUCTURE OF THE HMG BOX MOTIF IN THE B-DOMAIN OF HMG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hmf
タイトルSTRUCTURE OF THE HMG BOX MOTIF IN THE B-DOMAIN OF HMG1
要素HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN FRAGMENT-B
キーワードDNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


male-specific defense response to bacterium / Apoptosis induced DNA fragmentation / open form four-way junction DNA binding / crossed form four-way junction DNA binding / positive regulation of myeloid cell apoptotic process / non-sequence-specific DNA binding, bending / Pyroptosis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling ...male-specific defense response to bacterium / Apoptosis induced DNA fragmentation / open form four-way junction DNA binding / crossed form four-way junction DNA binding / positive regulation of myeloid cell apoptotic process / non-sequence-specific DNA binding, bending / Pyroptosis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / Regulation of TLR by endogenous ligand / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / negative regulation of apoptotic cell clearance / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation / toll-like receptor 2 signaling pathway / T-helper 1 cell activation / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of myeloid cell differentiation / glycolipid binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / positive regulation of dendritic cell differentiation / C-X-C chemokine binding / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / bent DNA binding / neutrophil clearance / positive regulation of glycogen catabolic process / DNA geometric change / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / endothelial cell chemotaxis / RAGE receptor binding / positive regulation of interleukin-1 production / eye development / bubble DNA binding / induction of positive chemotaxis / V(D)J recombination / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / myeloid cell differentiation / myeloid progenitor cell differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of nucleotide-excision repair / myoblast proliferation / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of innate immune response / cellular response to interleukin-7 / endothelial cell proliferation / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / glycogen catabolic process / apoptotic cell clearance / supercoiled DNA binding / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / DNA binding, bending / Neutrophil degranulation / positive regulation of smooth muscle cell migration / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of wound healing / phosphatidylserine binding / negative regulation of DNA replication / positive regulation of sprouting angiogenesis / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / protein kinase activator activity / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / response to type II interferon / positive regulation of myoblast differentiation / response to glucose / response to glucocorticoid / four-way junction DNA binding / condensed chromosome / DNA polymerase binding / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of autophagy / transcription repressor complex / peptide binding / activation of innate immune response / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / lipopolysaccharide binding / lung development / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction
類似検索 - 分子機能
HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain ...HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
High mobility group protein B1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Weir, H.M. / Kraulis, P.J. / Hill, C.S. / Raine, A.R.C. / Laue, E.D. / Thomas, J.O.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1993
タイトル: Structure of the HMG box motif in the B-domain of HMG1.
著者: Weir, H.M. / Kraulis, P.J. / Hill, C.S. / Raine, A.R. / Laue, E.D. / Thomas, J.O.
履歴
登録1994年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN FRAGMENT-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7911
ポリマ－8,7911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN FRAGMENT-B


分子量: 8791.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63159

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR2モデル構築
X-PLOR2精密化
X-PLOR2位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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