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- PDB-1q9a: Crystal structure of the sarcin/ricin domain from E.coli 23S rRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9a
タイトルCrystal structure of the sarcin/ricin domain from E.coli 23S rRNA at 1.04 resolution
要素Sarcin/ricin 23S rRNA
キーワードRNA / sarcin/ricin domain / ribonucleic acid / RNA recognition / high resolution / ribosomes
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Correll, C.C. / Beneken, J. / Plantinga, M.J. / Lubbers, M. / Chan, Y.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: The common and distinctive features of the bulged-G motif based on a 1.04 A resolution RNA structure
著者: Correll, C.C. / Beneken, J. / Plantinga, M.J. / Lubbers, M. / Chan, Y.L.
履歴
登録2003年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcin/ricin 23S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7441
ポリマ－8,7441
非ポリマー00
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.529, 29.529, 76.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: RNA鎖 Sarcin/ricin 23S rRNA


分子量: 8744.255 Da / 分子数: 1 / 断片: sarcin/ricin domain / 由来タイプ: 合成
詳細: THE 23S ribosomal RNA WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE 23S ribosomal RNA IS NATURALLY FOUND IN Escherichia coli (bacteria).
参照: GenBank: 26111017
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, K-MOPS, magnesium chloride, manganese chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2K-MOPS11
3magnesium chloride11
4manganese chloride11
5H2O11
6ammonium sulfate12
7K-MOPS12
8magnesium chloride12
9manganese chloride12
10H2O12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 mg/mlRNA1drop
250 mMpotassium MOPS1droppH7.0
35 mM1dropMgCl2
43.0-3.2 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium MOPS1reservoirpH7.0
610 mM1reservoirMgCl2
710 mM1reservoirMnCl2
81
91
101

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97764 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→40 Å / Num. all: 31452 / Num. obs: 29848 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 55.3
反射 シェル解像度: 1.04→1.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.04→40 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.1774 2981 random
Rwork0.1361 --
all0.1477 --
obs0.1477 29814 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 708 0 179 887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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