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- PDB-1msy: GUAA tetraloop mutant of Sarcin/Ricin domain from E. Coli 23 S rRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1msy
タイトルGUAA tetraloop mutant of Sarcin/Ricin domain from E. Coli 23 S rRNA
要素SARCIN/RICIN DOMAIN FROM 23 S RRNA
キーワードRNA / A-minor motif / sarcin/ricin loop / RNA structure / RNA tertiary contacts / RNA motifs / conformational change / RNA-protein recognition / hydration
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Correll, C.C. / Swinger, K.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2003
タイトル: Common and distinctive features of GNRA tetraloops based on a GUAA tetraloop structure at 1.4 A resolution
著者: Correll, C.C. / Swinger, K.
履歴
登録2002年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 400COMPOUND A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS PASSES THROUGH THE TERMINAL GU WOBBLEBASE PAIR. EACH ...COMPOUND A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS PASSES THROUGH THE TERMINAL GU WOBBLEBASE PAIR. EACH MOLECULE ABOUT THE 2-FOLD CONTRIBUTES ONE NUCLEOTIDE TO THE WOBBLE PAIR AND THE NUCLEOTIDE THAT COULD FORM THE INTRAMOLECULAR CLOSING PAIR IS DISORDERED. NOTE THAT THE OCCUPANCIES FOR THESE NUCLEOTIDES IS 0.5.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCIN/RICIN DOMAIN FROM 23 S RRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7051
ポリマ－8,7051
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.974, 22.534, 58.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2647-

U

21A-2673-

G

31A-3002-

HOH

41A-3004-

HOH

51A-3068-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 SARCIN/RICIN DOMAIN FROM 23 S RRNA


分子量: 8705.215 Da / 分子数: 1 / 変異: A2660U, G2661A / 由来タイプ: 合成
詳細: A2660U and G2661U double mutant of the SRL domain from E.coli rRNA
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, potassium MOPS, magnesium chloride, manganese chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2potassium MOPS11
3MgCl211
4MnCl211
5(NH4)2SO412
6MgCl212
7MnCl212
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
21.0 mMsodium EDTA1drop
310 mMTris1droppH8.0
43.0-3.2 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium MOPS1reservoirpH7.0
610 mM1reservoirMgCl2
710 mM1reservoirMnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97764 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月6日
放射モノクロメーター: Si-111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40 Å / Num. all: 14372 / Num. obs: 14372 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 80
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 40 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 483D

483d


解像度: 1.41→29 Å / Num. parameters: 6236 / Num. restraintsaints: 8182 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1419 11 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.1637 14372 --
obs0.1637 14372 97.9 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 662.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 582 0 109 691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0195
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.079
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.42 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_bond_d / Dev ideal: 0.01
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.458 / Rfactor Rwork: 0.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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