PDB-28sp: NMR STRUCTURE OF THE MOST CONSERVED RNA MOTIF IN SRP RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 28sp

タイトル

NMR STRUCTURE OF THE MOST CONSERVED RNA MOTIF IN SRP RNA

要素

CONSERVED MOTIF IN SRP RNA

キーワード

RNA / NMR OF RNA / SRP / 4.5S RNA / COMPLETE RELAXATION MATRIX ANALYSIS

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / RESTRAINED MD, COMPLETE RELAXATION-MATRIX ANALYSIS

データ登録者

Schmitz, U. / James, T.L. / Lukavsky, P. / Walter, P.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of the most conserved internal loop in SRP RNA.
著者: Schmitz, U. / James, T.L. / Lukavsky, P. / Walter, P.

履歴

登録	1999年4月7日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2022年3月9日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	28sp.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb28sp.ent.gz	107.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	28sp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	28sp_validation.pdf.gz	326.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	28sp_full_validation.pdf.gz	380.9 KB	表示
XML形式データ	28sp_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	28sp_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/8s/28sp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/8s/28sp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	28srC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dw4-d 5d99-d 480d-d 6y0t-1 6wpi-2 6y0y-d 4nlf-d 4y27-d 1msy-d 6y0t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CONSERVED MOTIF IN SRP RNA

9.13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	7 / 15	LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル

#1: RNA鎖	CONSERVED MOTIF IN SRP RNA / SRP54 BINDING DOMAIN 分子量: 9126.535 Da / 分子数: 1 / 断片: SRP DOMAIN IV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 解説: PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	SSNOESY
1	4	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: HOMONUCLEAR NMR USING 8MM SAMPLE TUBES

-
試料調製

詳細	内容: 0.25 MM RNA
試料状態	pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	5	PEARLMAN, KOLLMAN ET AL.	精密化
Sparky			構造決定

精密化

手法: RESTRAINED MD, COMPLETE RELAXATION-MATRIX ANALYSIS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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