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- PDB-1q93: Crystal structure of a mutant of the sarcin/ricin domain from rat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q93
タイトルCrystal structure of a mutant of the sarcin/ricin domain from rat 28S rRNA
要素Sarcin/Ricin 28S rRNA
キーワードRNA / sarcin/ricin domain / ribonucleic acid / RNA recognition / ribosomes / elongation factors / mutant / stem-loop
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Correll, C.C. / Beneken, J. / Plantinga, M.J. / Lubbers, M. / Chan, Y.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: The common and distinctive features of the bulged-G motif based on a 1.04 A resolution RNA structure
著者: Correll, C.C. / Beneken, J. / Plantinga, M.J. / Lubbers, M. / Chan, Y.L.
履歴
登録2003年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcin/Ricin 28S rRNA
B: Sarcin/Ricin 28S rRNA
C: Sarcin/Ricin 28S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,97012
ポリマ－26,1793
非ポリマー7919
水1,78399
1
A: Sarcin/Ricin 28S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1115
ポリマ－8,7261
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sarcin/Ricin 28S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8222
ポリマ－8,7261
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sarcin/Ricin 28S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0375
ポリマ－8,7261
非ポリマー3114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.143, 42.143, 336.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-121-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 Sarcin/Ricin 28S rRNA


分子量: 8726.288 Da / 分子数: 3 / 断片: Sarcin/Ricin Domain / 変異: C13G, G18C / 由来タイプ: 合成
詳細: THE 28S ribosomal RNA WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE 28S ribosomal RNA IS NATURALLY FOUND IN Rattus rattus (RAT).
参照: GenBank: 3891767
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, K-MOPS, magnesium chloride, spermine, cobalt chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2K-MOPS11
3magnesium chloride11
4spermine11
5cobalt chloride11
6H2O11
7ammonium sulfate12
8spermine12
9cobalt chloride12
10K-MOPS12
11H2O12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 mg/mlRNA1drop
250 mMpotassium MOPS1droppH7.0
35 mM1dropMgCl2
43.0-3.2 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium MOPS1reservoirpH7.0
620 mM1reservoirMgCl2
71 mMspermine1reservoir
82 mM1reservoirCoCl2
91
101
111

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. all: 15628 / Num. obs: 15569 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 98
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 98.8 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 483D

483d


解像度: 2.25→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1511 9.7 %Random
Rwork0.225 ---
all0.227 15628 --
obs0.227 15161 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1734 41 99 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.8452.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna-allatom.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.316 / Rfactor Rwork: 0.295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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