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- PDB-1p5u: X-ray structure of the ternary Caf1M:Caf1:Caf1 chaperone:subunit:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p5u
タイトルX-ray structure of the ternary Caf1M:Caf1:Caf1 chaperone:subunit:subunit complex
要素
  • (F1 capsule antigen) x 2
  • Chaperone protein Caf1M
キーワードCHAPERONE / STRUCTURAL PROTEIN / chaperone-target complex / chaperone-subunit complex / protein fiber / donor strand complementation / donor strand exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


capsule / pilus / chaperone-mediated protein folding / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : ...F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein caf1M / F1 capsule antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Zavialov, A.V. / Berglund, J. / Pudney, A.F. / Fooks, L.J. / Ibrahim, T.M. / MacIntyre, S. / Knight, S.D.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Structure and Biogenesis of the Capsular F1 Antigen from Yersinia pestis. Preserved Folding Energy Drives Fiber Formation
著者: Zavialov, A.V. / Berglund, J. / Pudney, A.F. / Fooks, L.J. / Ibrahim, T.M. / MacIntyre, S. / Knight, S.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Overexpression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the F1 antigen Caf1MCaf1 chaperonesubunit pre-assembly complex from Yersinia pestis
著者: Zavialov, A. / Berglund, J. / Knight, S.D.
#2: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2002
タイトル: Donor strand complementation mechanism in the biogenesis of non-pilus systems
著者: Zavialov, A.V. / Kersley, J. / Korpela, T. / Zav'yalov, V.P. / MacIntyre, S. / Knight, S.D.
履歴
登録2003年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein Caf1M
B: F1 capsule antigen
C: F1 capsule antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6643
ポリマ－57,6643
非ポリマー00
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.816, 69.620, 45.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein Caf1M / Caf1M chaperone / Caf1M / Capsule protein fraction 1 / F1 chaperone protein


分子量: 26329.012 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 24-258 of SWS P26926 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM5 / 遺伝子: CAF1M / プラスミド: pFM-1-6H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P26926
#2: タンパク質 F1 capsule antigen


分子量: 15661.271 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-170 of SWS P26948 / Mutation: A9R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: larger fragment of F1 capsule with A9R mutation / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM5 / 遺伝子: CAF1 / プラスミド: pFM-1-6H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P26948
#3: タンパク質 F1 capsule antigen


分子量: 15673.230 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 35-170 of SWS P26948 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: smaller HIS-tagged fragment of F1 capsule / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM5 / 遺伝子: CAF1 / プラスミド: pFM-1-6H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P26948
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG 8000, calcium acetate, cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
155 mg/mlprotein1drop
216-17 %PEG80001reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
40.2 Mcalcium acetate1reservoirpH5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月29日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→87.71 Å / Num. all: 34536 / Num. obs: 34536 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.99→2.15 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 82
反射
*PLUS
% possible obs: 88.6 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.19精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Refined model of binary Caf1M:Caf1 pre-assembly complex

解像度: 1.99→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.625 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21634 1754 5.1 %RANDOM
Rwork0.16555 ---
obs0.1682 32723 87.28 %-
all-34445 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 0 290 3982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0223767
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.061.9565134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95437890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2045497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2660.23947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.22439
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2890.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.311.52448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26423963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.52231319
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6024.51171
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.046 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 114
Rwork0.187 2159
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4024-0.51060.08891.16190.09910.6867-0.066-0.0681-0.02380.08880.0683-0.14230.04930.0584-0.00230.0218-0.0085-0.00080.0033-0.00110.051440.4335.5326.319
21.7380.3968-0.5742.5663-0.31423.5395-0.12320.0719-0.4068-0.02220.0250.04550.5184-0.13520.09830.0839-0.03450.04210.0252-0.02580.100117.87921.6330.887
33.1159-1.1654-0.75192.44010.38311.82890.0085-0.06130.2225-0.03660.01980.1204-0.3088-0.2071-0.02830.05940.0333-0.01870.0927-0.0250.03893.53849.78721.371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 1459 - 145
2X-RAY DIFFRACTION1BB16 - 14916 - 149
3X-RAY DIFFRACTION2AA146 - 234146 - 234
4X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 151 - 15
5X-RAY DIFFRACTION3CC16 - 14914 - 147
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection Rfree: 1753 / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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