[日本語] English
万見
- PDB-3dos: Crystal structure of the complex of the Caf1M chaperone with the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dos
タイトルCrystal structure of the complex of the Caf1M chaperone with the mini-fiber of two Caf1 subunits (Caf1:Caf1), carrying the Thr7Phe and Ala9Val mutations in the Gd donor strand
要素
  • Chaperone protein caf1M
  • F1 capsule antigen
キーワードChaperone/Structural Protein / BETA BARREL / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / DONOR STRAND COMPLEMENTATION / Chaperone / Immunoglobulin domain / Periplasm / Plasmid / Capsule / Secreted / Chaperone-Structural Protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


capsule / pilus / : / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : ...F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein caf1M / F1 capsule antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fooks, L.J. / Yu, X. / Moslehi-Mohebi, E. / Tischenko, V. / Knight, S.D. / MacIntyre, S. / Zavialov, A.V.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Hydrophobicity and rigidity of binding segments enable CAF1M chaperone to act as assembly catalyst
著者: Fooks, L.J. / Yu, X. / Moslehi-Mohebi, E. / Tischenko, V. / Knight, S.D. / MacIntyre, S. / Zavialov, A.V.
履歴
登録2008年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein caf1M
B: F1 capsule antigen
C: F1 capsule antigen
D: Chaperone protein caf1M
E: F1 capsule antigen
F: F1 capsule antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2556
ポリマ－115,2556
非ポリマー00
水3,459192
1
A: Chaperone protein caf1M
B: F1 capsule antigen
C: F1 capsule antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6283
ポリマ－57,6283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
2
D: Chaperone protein caf1M
E: F1 capsule antigen
F: F1 capsule antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6283
ポリマ－57,6283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.234, 91.181, 166.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31A
41D
51A
61D
71A
81D
91A
101D
111A
121D
131A
141D
151A
161D
171A
181D
191A
201D
211A
221D
231A
241D
251A
261D
271A
281D
291A
301D
12B
22E
13B
23E
33B
43E
53B
63E
73B
83E
93B
103E
113B
123E
133B
143E
153B
163E
173B
183E
193B
203E
213B
223E
14C
24F
34C
44F
54C
64F
74C
84F
94C
104F
114C
124F
134C
144F
154C
164F
174C
184F
194C
204F
214C
224F
234C
244F
254C
264F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSTYRTYR1AA10 - 2310 - 23
211LYSLYSTYRTYR1DD10 - 2310 - 23
321PROPROALAALA4AA24 - 2724 - 27
421PROPROALAALA4DD24 - 2724 - 27
531ALAALATYRTYR1AA28 - 4928 - 49
631ALAALATYRTYR1DD28 - 4928 - 49
741PROPROALAALA1AA60 - 8160 - 81
841PROPROALAALA1DD60 - 8160 - 81
951GLNGLNLYSLYS4AA82 - 9182 - 91
1051GLNGLNLYSLYS4DD82 - 9182 - 91
1161GLUGLUPROPRO1AA92 - 10392 - 103
1261GLUGLUPROPRO1DD92 - 10392 - 103
1371GLYGLYGLNGLN4AA127 - 131127 - 131
1471GLYGLYGLNGLN4DD127 - 131127 - 131
1581PHEPHEVALVAL1AA132 - 142132 - 142
1681PHEPHEVALVAL1DD132 - 142132 - 142
1791ARGARGPROPRO4AA143 - 151143 - 151
1891ARGARGPROPRO4DD143 - 151143 - 151
19101ILEILESERSER1AA152 - 159152 - 159
20101ILEILESERSER1DD152 - 159152 - 159
21111TRPTRPGLUGLU4AA160 - 170160 - 170
22111TRPTRPGLUGLU4DD160 - 170160 - 170
23121ASNASNALAALA1AA171 - 201171 - 201
24121ASNASNALAALA1DD171 - 201171 - 201
25131PHEPHELEULEU4AA202 - 204202 - 204
26131PHEPHELEULEU4DD202 - 204202 - 204
27141PROPROASNASN4AA205 - 213205 - 213
28141PROPROASNASN4DD205 - 213205 - 213
29151VALVALVALVAL1AA214 - 233214 - 233
30151VALVALVALVAL1DD214 - 233214 - 233
112ALAALAPROPRO1BB1 - 161 - 16
212ALAALAPROPRO1EE1 - 161 - 16
113ALAALAGLYGLY1BB17 - 2617 - 26
213ALAALAGLYGLY1EE17 - 2617 - 26
323ALAALALEULEU4BB27 - 4227 - 42
423ALAALALEULEU4EE27 - 4227 - 42
533VALVALASPASP1BB43 - 6443 - 64
633VALVALASPASP1EE43 - 6443 - 64
743ALAALAGLYGLY4BB65 - 6765 - 67
843ALAALAGLYGLY4EE65 - 6765 - 67
953ASPASPTHRTHR1BB68 - 7568 - 75
1053ASPASPTHRTHR1EE68 - 7568 - 75
1163SERSERHISHIS4BB76 - 8276 - 82
1263SERSERHISHIS4EE76 - 8276 - 82
1373GLNGLNLYSLYS1BB83 - 9183 - 91
1473GLNGLNLYSLYS1EE83 - 9183 - 91
1583ASPASPILEILE4BB92 - 9892 - 98
1683ASPASPILEILE4EE92 - 9892 - 98
1793SERSERSERSER1BB99 - 12599 - 125
1893SERSERSERSER1EE99 - 12599 - 125
19103ILEILEASPASP4BB126 - 140126 - 140
20103ILEILEASPASP4EE126 - 140126 - 140
21113ALAALAGLNGLN1BB141 - 149141 - 149
22113ALAALAGLNGLN1EE141 - 149141 - 149
114ILEILEILEILE1CC19 - 2919 - 29
214ILEILEILEILE1FF19 - 2919 - 29
324THRTHRILEILE4CC30 - 3730 - 37
424THRTHRILEILE4FF30 - 3730 - 37
534ASPASPGLYGLY1CC38 - 5038 - 50
634ASPASPGLYGLY1FF38 - 5038 - 50
744TYRTYRVALVAL4CC51 - 6051 - 60
844TYRTYRVALVAL4FF51 - 6051 - 60
954ASNASNTHRTHR1CC61 - 7561 - 75
1054ASNASNTHRTHR1FF61 - 7561 - 75
1164SERSERASNASN4CC76 - 8176 - 81
1264SERSERASNASN4FF76 - 8176 - 81
1374HISHISASNASN1CC82 - 10382 - 103
1474HISHISASNASN1FF82 - 10382 - 103
1584GLYGLYGLNGLN4CC104 - 119104 - 119
1684GLYGLYGLNGLN4FF104 - 119104 - 119
1794ASPASPSERSER1CC120 - 128120 - 128
1894ASPASPSERSER1FF120 - 128120 - 128
19104LYSLYSLYSLYS4CC129 - 132129 - 132
20104LYSLYSLYSLYS4FF129 - 132129 - 132
21114LEULEUSERSER1CC133 - 147133 - 147
22114LEULEUSERSER1FF133 - 147133 - 147
23124ASNASNGLNGLN4CC148 - 149148 - 149
24124ASNASNGLNGLN4FF148 - 149148 - 149
25134ALAALAARGARG5CC17 - 1817 - 18
26134ALAALAARGARG5FF17 - 1817 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone protein caf1M / Capsule protein fraction 1 machinery


分子量: 26329.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24 to 258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: caf1M, YPMT1.82, y5194, y1098, YP_pMT084 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26926
#2: タンパク質
F1 capsule antigen


分子量: 15649.277 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22 to 170 / Mutation: Thr7Phe, Ala9Val / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: caf1, YPMT1.84, y5196, y1100, YP_pMT082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26948
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 16-17% PEG 8000 in 0.1 M Na cacodylate and 0.2 M Ca acetate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日 / 詳細: Bent germanium crystal
放射モノクロメーター: Bent silicon crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 45057 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z9S

1z9s


解像度: 2.4→31.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 8.377 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26434 2008 5 %RANDOM
Rwork0.21402 ---
all0.217 39785 --
obs0.21653 37777 91.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--1.56 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→31.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7181 0 0 192 7373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9639936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1395941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47325.135296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.502151174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5711529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.24842
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0841.54801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67827611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50432803
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9854.52325
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1108tight positional0.070.05
2B114tight positional0.120.05
3B634tight positional0.050.05
4C643tight positional0.070.05
1A312medium positional0.440.5
3B335medium positional0.480.5
4C320medium positional0.60.5
4C8loose positional2.235
1A1108tight thermal3.10.5
2B114tight thermal0.940.5
3B634tight thermal2.150.5
4C643tight thermal0.980.5
1A312medium thermal22
3B335medium thermal2.372
4C320medium thermal0.922
4C8loose thermal1.4410
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 143 -
Rwork0.255 2805 -
obs--93.74 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る