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Yorodumi- PDB-6swh: Crystal structure of the ternary complex between the type 1 pilus... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6swh | ||||||
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Title | Crystal structure of the ternary complex between the type 1 pilus proteins FimC, FimI and FimA from E. coli | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / structural protein complex / pilus assembly inhibition | ||||||
Function / homology | Function and homology information pilus assembly / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Giese, C. / Puorger, C. / Ignatov, O. / Weber, M. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Comprehensive kinetic characterization of bacterial pilus rod assembly and assembly termination Authors: Giese, C. / Puorger, C. / Ignatov, O. / Weber, M. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6swh.cif.gz | 385.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6swh.ent.gz | 318.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6swh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7b0wC 7b0xC 3sqbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 6 molecules ADBECF
#1: Protein | Mass: 22754.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: fimC, b4316, JW4279 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P31697 #2: Protein | Mass: 17189.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: fimI, b4315, JW5779 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P39264 #3: Protein | Mass: 15508.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: fimA, pilA, b4314, JW4277 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P04128 |
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-Non-polymers , 3 types, 165 molecules
#4: Chemical | ChemComp-PEG / |
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#5: Chemical | ChemComp-EDO / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.46 Å3/Da / Density % sol: 72.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.8 M sodium formate, 100 mM Tris/acetic acid pH 8.5, 16% PEG 4000 (w/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→22 Å / Num. obs: 48258 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.851 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 21.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SQB Resolution: 2.8→19.891 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 218.28 Å2 / Biso mean: 80.5496 Å2 / Biso min: 29.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→19.891 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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