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- PDB-7b0w: Crystal structure of the E. coli type 1 pilus assembly inhibitor ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b0w | ||||||
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Title | Crystal structure of the E. coli type 1 pilus assembly inhibitor FimI bound to FimC | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / structural protein complex / pilus assembly | ||||||
Function / homology | ![]() pilus assembly / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scharer, M.A. / Zigova, Z. / Giese, C. / Puorger, C. / Ignatov, O. / Capitani, G. / Glockshuber, R. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: Comprehensive kinetic characterization of bacterial pilus rod assembly and assembly termination Authors: Giese, C. / Puorger, C. / Ignatov, O. / Zigova, Z. / Weber, M. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 157.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 448.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6swhC ![]() 7b0xC ![]() 4dwhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23582.914 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: fimC, b4316, JW4279 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
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#2: Protein | Mass: 15030.870 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: fimI, b4315, JW5779 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 4.5 M sodium formate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 18, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→48.44 Å / Num. obs: 81377 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.431 % / Biso Wilson estimate: 30.672 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 11.64 / Num. measured all: 279213 / Scaling rejects: 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4DWH Resolution: 1.75→48.44 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.78 Å2 / Biso mean: 34.5005 Å2 / Biso min: 11.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→48.44 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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