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- PDB-1ovv: CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ovv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
要素FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
キーワードDE NOVO PROTEIN / ALPHA-HELICAL BUNDLE / PROTEIN DESIGN
機能・相同性Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / UNCONVENTIANAL METHOD USING THE GROUP-SUBGROUP RELATION / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Geremia, S.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Response of a designed metalloprotein to changes in metal ion coordination, exogenous ligands, and active site volume determined by X-ray crystallography.
著者: Geremia, S. / Di Costanzo, L. / Randaccio, L. / Engel, D.E. / Lombardi, A. / Nastri, F. / DeGrado, W.F.
#1: ジャーナル: ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. / 年: 2003
タイトル: Sliding Helix Induced Change of Coordination Geomet Model Di-Mn(II) Protein
著者: Degrado, W.F. / Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Lombardi, A. / Pavone, V. / Randaccio, L.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Toward the De Novo Design of a Catalytically Active Helix-Bundle: A Substrate Accessible Carboxylate-Br Dinuclear Metal Center
著者: Di Costanzo, L. / Wade, H. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F. / Lombardi, A.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Retrostructural Analysis of Metalloproteins: Application to the Design of a Minimal Model for Diiron Proteins
著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F.
履歴
登録2003年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
B: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
C: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
D: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
E: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
F: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,38513
ポリマ－34,9736
非ポリマー4137
水1267
1
A: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
B: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7754
ポリマ－11,6582
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area5830 Å2
手法PISA
2
C: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
D: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8345
ポリマ－11,6582
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
3
E: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
F: FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7754
ポリマ－11,6582
非ポリマー1182
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area5850 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.92, 80.05, 96.62
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form II) / di-Co(II)-DF1-L13A (form II)


分子量: 5828.813 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Peg 400, TRIS-HCl, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月30日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: 1.2 / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21
21.21
反射解像度: 2.9→33.3 Å / Num. obs: 6492 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.573 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: UNCONVENTIANAL METHOD USING THE GROUP-SUBGROUP RELATION
解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 31.395 / SU ML: 0.588 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.611
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31979 309 4.8 %RANDOM
Rwork0.26695 ---
obs0.26943 6492 96.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.24 Å20 Å20 Å2
2---10.3 Å20 Å2
3---13.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 7 7 2492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5022.0343408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5073282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.08615536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3540.31667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.250.5180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3370.384
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3950.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1691.51458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.08722346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.67931086
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.534.51044
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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