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- PDB-1opg: OPG2 FAB FRAGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1opg
タイトルOPG2 FAB FRAGMENT
要素
  • OPG2 FAB (HEAVY CHAIN)
  • OPG2 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN / CELL ADHESION MOLECULE
機能・相同性
機能・相同性情報


humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kodandapani, R. / Veerapandian, B. / Ely, K.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the OPG2 Fab. An antireceptor antibody that mimics an RGD cell adhesion site.
著者: Kodandapani, R. / Veerapandian, B. / Kunicki, T.J. / Ely, K.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1992
タイトル: Crystallization of Opg2 Fab Fragment: A Fibrinogen Mimic with Specificity for the Platelet Glycoprotein
著者: Celikel, R. / Williamson, M.M. / Kunicki, T.J. / Ely, K.R.
履歴
登録1995年4月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: OPG2 FAB (LIGHT CHAIN)
H: OPG2 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0582
ポリマ－48,0582
非ポリマー00
水8,791488
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.100, 83.800, 53.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 95 / 3: CIS PROLINE - PRO L 141 / 4: CIS PROLINE - PRO H 159 / 5: CIS PROLINE - PRO H 161

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要素

#1: 抗体 OPG2 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23549.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLATELET
#2: 抗体 OPG2 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 24508.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLATELET / 参照: UniProt: P01868
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Celikel, R., (1993) Acta Crystallogr.,Sect.D, 49, 421.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
124 %(w/v)PEG10001reservoir
20.02 Mimidazole malate1reservoir
30.16 M1reservoirNaCl

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データ収集

検出器日付: 1992年3月12日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 28703 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 89211 / Rmerge(I) obs: 0.044

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HOWARDデータ収集
A.J.データ収集
NILSENデータ収集
C.& XUONG N-H METHOD.データ収集
PROLSQ精密化
XENGEN(HOWARDデータ削減
NIELSENデータ削減
XUONG)データ削減
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.16 22609
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 0 488 3966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0630.045
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.035
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.220.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2680.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2560.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.95
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.320
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor21.320
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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