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万見
- PDB-1oif: Family 1 b-glucosidase from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oif
タイトルFamily 1 b-glucosidase from Thermotoga maritima
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLUCOSIDE HYDROLYSIS / FAMILY GH1 / ENZYME / ISOFAGOMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Beta-glucosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Gloster, T. / Zechel, D. / Boraston, A.B. / Boraston, C.M. / Macdonald, J.M. / Tilbrook, D.M. / Stick, R.V. / Davies, G.J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases
著者: Zechel, D.L. / Boraston, A.B. / Gloster, T. / Boraston, C.M. / Macdonald, J.M. / Tilbrook, D.M. / Stick, R.V. / Davies, G.J.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
著者: Gloster, T.M. / Meloncelli, P. / Stick, R.V. / Zechel, D. / Vasella, A. / Davies, G.J.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1764
ポリマ－107,8812
非ポリマー2942
水8,431468
1
A: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0882
ポリマ－53,9411
非ポリマー1471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0882
ポリマ－53,9411
非ポリマー1471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.647, 95.194, 114.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A1 - 446
2113B1 - 446

-
要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 53940.648 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC MODULE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q08638, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-IFM / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Afegostat / isofagomine / (3R,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-3,4-DIOL / イソファゴミン


分子量: 147.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HYDROLYSIS OF TERMINAL, NON-REDUCING BETA-D- GLUCOSE RESIDUES WITH RELEASE OF BETA-D-GLUCOSE. ...HYDROLYSIS OF TERMINAL, NON-REDUCING BETA-D- GLUCOSE RESIDUES WITH RELEASE OF BETA-D-GLUCOSE. INVOLVED IN CELLULOSE DEGRADATION.
配列の詳細A1,2, B1,213,307,446 POOR OR MISSING DENSITY THE FULL LENGTH PROTEIN ALSO CONTAINS A HIS-TAG FROM ...A1,2, B1,213,307,446 POOR OR MISSING DENSITY THE FULL LENGTH PROTEIN ALSO CONTAINS A HIS-TAG FROM THE PET28A CLONING VECTOR. NUMBERING OF THE PROTEIN AGREES WITH THE SWISSPROT ENTRY AND IGNORES THE HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: STRUCTURE ISOMORPHOUS WITH STARTING ENTRY
結晶化pH: 7
詳細: 10MG/ML PROTEIN IN 15% PEG 4K, 0.2 M CAAC,0.1M IMIDAZOLE PH7, pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlenzyme1drop
250 mMimidazole1droppH7.
315 %PEG40001reservoir
40.2 M1reservoirCaAc2
50.1 Mimidazole1reservoirpH7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→25 Å / Num. obs: 574792 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.32 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 22.93
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.34 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 4.166 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OD0

1od0


解像度: 2.12→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.666 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2935 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 55087 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7141 0 20 468 7629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0217411
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.92210079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3835882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.23669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7431.54385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40827050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30133026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5524.53029
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1764tight positional0.070.05
1741loose positional0.355
1764tight thermal0.410.5
1741loose thermal2.7310
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.17 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 172
Rwork0.252 3227
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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