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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o96 | ||||||
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タイトル | Structure of electron transferring flavoprotein for Methylophilus methylotrophus. | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSFER / FLAVOPROTEIN / FAD BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / amino acid catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / nucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Leys, D. / Basran, J. / Talfournier, F. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Extensive Conformational Sampling in a Ternary Electron Transfer Complex. 著者: Leys, D. / Basran, J. / Talfournier, F. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o96.cif.gz | 430.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o96.ent.gz | 349.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1o96_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1o96_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1o96_validation.xml.gz | 94.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1o96_validation.cif.gz | 122.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/1o96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/1o96 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28929.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P53570 #2: タンパク質 | 分子量: 33622.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P53571 #3: 化合物 | ChemComp-AMP / #4: 化合物 | ChemComp-FAD / 配列の詳細 | DISORDERED REGIONS WERE NOT INCORPORATED IN THE MODEL. THE FAD DOMAIN OF ETF Q-Z IS MODELLED WITH ...DISORDERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: SATURATED SODIUM CITRATE, pH 9.00 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 58411 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 553173 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.21 Å / % possible obs: 98.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 20.23 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT INCORPORATED IN THE MODEL. THE FAD DOMAIN OF ETF Q-Z IS MODELLED WITH OCCUPANCY 0.5 DUE TO ITS HIGH MOBILITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.92 Å
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拘束条件 |
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