PDB-4yer: Crystal structure of an ABC transporter ATP-binding protein (TM_1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yer

タイトル

Crystal structure of an ABC transporter ATP-binding protein (TM_1403) from Thermotoga maritima MSB8 at 2.35 A resolution

要素

ABC transporter ATP-binding protein

キーワード

HYDROLASE / PF00005 family protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

doxorubicin transport / daunorubicin transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / MAD/molecular replacement / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ABC transporter ATP-binding protein (TM_1403) from Thermotoga maritima MSB8 at 2.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2015年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yer.cif.gz	239.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yer.ent.gz	190.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yer_validation.pdf.gz	982.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yer_full_validation.pdf.gz	989 KB	表示
XML形式データ	4yer_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	4yer_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2vtw-2 1o96-1 3o0y-3 5zc2-d 6axq-d 1o96-3 2p2f-2 3zu7-d 4egt-d 3asq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-283264

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ABC transporter ATP-binding protein

B: ABC transporter ATP-binding protein

ヘテロ分子

77.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.310, 101.180, 110.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Dimer according to analytical size exclusion

#1: タンパク質	ABC transporter ATP-binding protein / ABC-type multidrug transport system / ATPase component / Antibiotic ABC transporter / ATP-binding ...ABC-type multidrug transport system / ATPase component / Antibiotic ABC transporter / ATP-binding protein / putative 分子量: 38292.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1403, THEMA_07300, Tmari_1410 / プラスミド: MH4TEVa / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9X1C3
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.23	44.89
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	4.28	54.0% polyethylene glycol 200, 0.2M sodium chloride, 0.1M phosphate-citrate pH 4.28
293	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	4.2	0.2M sodium chloride, 55.0% polyethylene glycol 200, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1
5	100	1
6	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	1	0.999974
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	6	0.97926,0.91837,0.97894

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2007年2月22日	2-crystal monochromator, Si111, 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing
MARMOSAIC 325 mm CCD	6	CCD	2007年2月8日	Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	2-crystal, Si111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
6	single crystal Si(111) bent	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.999974	1
2	0.97926	1
3	0.91837	1
4	0.97894	1

反射

解像度: 2.35→29.725 Å / Num. all: 29295 / Num. obs: 29295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.096 / R_sym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 6.702 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 117826

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Diffraction-ID	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.35-2.41	4.1	0.921	0.8	1	8712	2137	0.452	0.921	0.8	1	1.9	100
2.41-2.48	4.1	0.762	0.663	1.2	8480	2069	0.373	0.762	0.663		2.3	100
2.48-2.55	4.1	0.568	0.493	1.6	8230	2017	0.279	0.568	0.493		3	100
2.55-2.63	4.1	0.451	0.391	2	8020	1975	0.222	0.451	0.391		3.6	100
2.63-2.71	4.1	0.409	0.355	2.1	7774	1902	0.201	0.409	0.355		4	100
2.71-2.81	4.1	0.354	0.307	2.5	7567	1852	0.174	0.354	0.307		4.5	100
2.81-2.91	4.1	0.263	0.228	3.3	7235	1777	0.13	0.263	0.228		5.9	100
2.91-3.03	4.1	0.212	0.184	4.1	6975	1721	0.104	0.212	0.184		7.1	100
3.03-3.17	4.1	0.173	0.15	5.1	6805	1668	0.085	0.173	0.15		8.5	100
3.17-3.32	4.1	0.127	0.11	6.8	6387	1574	0.063	0.127	0.11		10.9	100
3.32-3.5	4	0.096	0.083	8.5	6108	1520	0.048	0.096	0.083		13.4	100
3.5-3.72	4	0.08	0.069	9.9	5780	1428	0.04	0.08	0.069		16.3	100
3.72-3.97	4	0.062	0.053	12.2	5439	1359	0.031	0.062	0.053		20.3	100
3.97-4.29	4	0.058	0.049	11.4	5014	1258	0.029	0.058	0.049		21.7	100
4.29-4.7	4	0.05	0.043	13.5	4747	1183	0.025	0.05	0.043		24.8	100
4.7-5.25	3.9	0.051	0.044	13.3	4157	1066	0.025	0.051	0.044		23.8	100
5.25-6.07	3.9	0.058	0.05	12	3703	948	0.029	0.058	0.05		21.7	100
6.07-7.43	3.8	0.058	0.049	10.1	3106	823	0.03	0.058	0.049		22.4	100
7.43-10.51	3.7	0.047	0.04	11.2	2387	649	0.025	0.047	0.04		26.7	99.7
10.51-29.725	3.3	0.046	0.038	13.2	1200	369	0.024	0.046	0.038		24.6	95.2

-
位相決定

位相決定	手法: MAD/molecular replacement

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
SCALA	3.3.20	データスケーリング
BUSTER-TNT	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.35→29.725 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9203 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9126 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS WERE INCLUDED DURING REFINEMENT TO IMPROVE THE ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2416	1481	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2226	-	-	-
obs	0.2236	29234	99.95 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 231.38 Å² / B_iso mean: 62.2966 Å² / B_iso min: 24.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.331 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.3642 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.6951 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.305 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4310	0	56	60	4426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2427	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	95	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1303	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	8648	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	606	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	9117	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	8648	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	15665	HARMONIC	2	0.96
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.95

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.43 Å / Total num. of bins used: 15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2557	144	5.13 %
R_work	0.2115	2663	-
all	0.2138	2807	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9818	-0.067	0.0071	1.6793	0.3962	1.9414	0.0203	0.0559	-0.1155	0.0341	0.0163	-0.1587	0.2838	-0.0083	-0.0367	-0.2296	-0.015	-0.0474	-0.2359	0.0063	0.0628	11.7363	-19.1565	80.0341
2	1.842	-0.4423	0.2788	2.9097	-0.9456	1.0675	0.034	0.049	0.2773	-0.0199	-0.0873	-0.1461	-0.0883	0.005	0.0533	-0.2417	-0.0044	0.0269	-0.2205	-0.0179	0.0814	-12.0484	-30.7797	80.9971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1-313 }	A	1 - 313
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1-313 }	B	1 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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