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- PDB-1nvl: RDC-refined NMR structure of bovine Acyl-coenzyme A Binding Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nvl
タイトルRDC-refined NMR structure of bovine Acyl-coenzyme A Binding Protein, ACBP, in complex with palmitoyl-coenzyme A
要素Acyl-CoA-binding protein
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / 4-alpha-helix bundle / protein-ligand complex / palmitoyl-coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid metabolic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PALMITIC ACID / Acyl-CoA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS IN FULL CHARMM FORCE FIELD
データ登録者Lerche, M.H. / Kragelund, B.B. / Redfield, C. / Poulsen, F.M.
引用
ジャーナル: To be Published / 年: 2003
タイトル: RDC-refined NMR structure of bovine Acyl-coenzyme A Binding Protein, ACBP, in complex with palmitoyl-coenzyme A
著者: Lerche, M.H. / Kragelund, B.B. / Redfield, C. / Poulsen, F.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of the complex between acyl-coenzyme A binding protein and palmitoyl-coenzyme A.
著者: Kragelund, B.B. / Andersen, K.V. / Madsen, J.C. / Knudsen, J. / Poulsen, F.M.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1993
タイトル: The three-dimensional structure of acyl-coenzyme A binding protein from bovine liver: structural refinement using heteronuclear multidimensional NMR spectroscopy.
著者: Andersen, K.V. / Poulsen, F.M.
履歴
登録2003年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年9月28日Group: Derived calculations
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9553
ポリマ－9,9311
非ポリマー1,0242
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #20lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA-binding protein / ACBP / Diazepam binding inhibitor / DBI / Endozepine / EP


分子量: 9931.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ACBP / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07107
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121S3E-HSQC
NMR実験の詳細Text: REFINEMENT OF EARLIER PDB DEPOSIT, 1ACA, SEE ENTRY FOR DETAILS. NOE AND DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS OBTAINED AND MODIFIED FROM THIS ENTRY. RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS ADDED AS ADDITIONAL RESTRAINTS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM ACBP, pH 6.5, 0.5 mM palmitoyl-coenzyme A, 5% (3:1) [DMPC:DHPC], 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM ACBP, pH 6.5, 0.5 mM palmitoyl-coenzyme A, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1no salt added 6.5ambient 310 K
2no salt added 6.5ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Home-built home builtHome-builthome built6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORmodified 3.8Brnger, A. T.精密化
Pronto20000515Kjaer et al.データ解析
Felix解析
MNMRデータ解析
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS IN FULL CHARMM FORCE FIELD
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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