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- PDB-1ugi: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ugi
タイトルURACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN
要素URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / PROTEIN MIMICRY OF DNA / PROTEIN INHIBITOR
機能・相同性Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / IMIDAZOLE / Uracil-DNA glycosylase inhibitor
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage PBS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Putnam, C.D. / Arvai, A.S. / Mol, C.D. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Protein mimicry of DNA from crystal structures of the uracil-DNA glycosylase inhibitor protein and its complex with Escherichia coli uracil-DNA glycosylase
著者: Putnam, C.D. / Shroyer, M.J. / Lundquist, A.J. / Mol, C.D. / Arvai, A.S. / Mosbaugh, D.W. / Tainer, J.A.
履歴
登録1998年11月4日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
E: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
F: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
G: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
H: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,68132
ポリマ－75,8618
非ポリマー1,82024
水10,106561
1
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5792
ポリマ－9,4831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6213
ポリマ－9,4831
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8556
ポリマ－9,4831
非ポリマー3725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7865
ポリマ－9,4831
非ポリマー3034
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9517
ポリマ－9,4831
非ポリマー4686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6213
ポリマ－9,4831
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6483
ポリマ－9,4831
非ポリマー1652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6213
ポリマ－9,4831
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.800, 59.400, 79.800
Angle α, β, γ (deg.)73.67, 85.55, 66.46
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99737, -0.05262, 0.04989), (0.03955, -0.97143, -0.23402), (0.06078, -0.23143, 0.97095)-0.81482, -0.41685, -3.70572
2given(0.63329, 0.77389, 0.00676), (0.77328, -0.6331, 0.03503), (0.03138, -0.01696, -0.99936)37.43958, 25.45655, 13.69368
3given(-0.67192, -0.73709, -0.07222), (-0.73019, 0.643, 0.23104), (-0.12386, 0.20798, -0.97026)35.80038, 25.01386, 17.28484
4given(0.6759, 0.7312, -0.09227), (-0.73325, 0.67978, 0.01573), (0.07423, 0.05702, 0.99561)20.89913, 36.7387, 37.46319
5given(-0.66131, -0.73257, -0.16129), (0.7484, -0.62986, -0.20777), (0.05062, -0.25811, 0.96479)19.75451, 37.03503, 33.25365
6given(0.99405, 0.05443, 0.09433), (0.05663, -0.99818, -0.02088), (0.09302, 0.0261, -0.99532)31.35763, 61.9147, 50.99107
7given(-0.99026, -0.00736, 0.139), (0.02258, 0.97689, 0.21255), (-0.13736, 0.21362, -0.96721)30.3963, 62.24492, 54.83612

-
要素

#1: タンパク質
URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR / UGI


分子量: 9482.674 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage PBS2 (ファージ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PZWTAC1 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P14739
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.2 / 詳細: pH 8.2, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2IMIDAZOLE11
3MALATE11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
184 %satammonium sulfate1reservoir
2200 mMimidazole/malate1reservoir
31

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 95452 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 86.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 221922 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.5 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM OF FREE UGI

解像度: 1.55→20 Å / Num. parameters: 24407 / Num. restraintsaints: 22880 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 9346 10 %RANDOM
obs0.2218 86111 86.5 %-
all-86111 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE SCALING
Refine analyzeNum. disordered residues: 24
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5414 0 120 561 6095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.97
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.222 / Rfactor Rfree: 0.289
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 1.62 Å / Rfactor Rfree: 0.348 / Num. reflection obs: 9225 / Rfactor obs: 0.329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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